Ključna razlika između nasumičnih početnica i oligo dT je u tome što je nasumična početnica mješavina svih mogućih heksamernih oligonukleotidnih sekvenci, dok se oligo dT početnica sastoji od jednolančanog niza od 12-18 deoksitimidina.
Reverzna transkripcija je mehanizam u kojem se cDNA može sintetizirati pomoću mRNA ili bilo koje vrste RNA. Kako bi se proizvela cDNA, potrebno je osigurati enzim reverzne transkriptaze i druge potrebne komponente, posebno šablonu i početnice. Primeri su kratke DNA sekvence posebno dizajnirane za umnožavanje ciljnih sekvenci. Nasumični primeri i oligo dT početnici dvije su uobičajene vrste početnica koje se koriste u obrnutoj transkripciji. Prema tome, nasumična početnica ili oligo dT početnica su kratke DNA oligonukleotidne sekvence potrebne za reverznu transkriptazu da započne reverznu transkripciju. Ovisno o šabloni RNA, prikladna početnica može se odabrati između ova dva tipa početnica.
Što su Random Primeri?
Nasumični primer je mješavina oligonukleotida koji predstavljaju sve moguće sekvence heksamera. Slijed primera nasumičnog primera je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ili C. Stoga se nasumični primeri mogu koristiti za umnožavanje jednolančane DNA ili RNA pomoću DNA polimeraze ili reverzne transkriptaze, odnosno. Osim toga, nasumična mješavina početnica sposobna je pojačati sve regije RNA za generiranje cDNA. Stoga proizvodi različite duljine cDNA.
Slika 01: Nasumični primeri
Ono što je najvažnije, nasumična mješavina primera ne pokazuje specifičnost šablona. Nije u stanju razlikovati mRNA i druge vrste RNA. I žari se s bilo kojom vrstom RNA u uzorku. Međutim, nasumična mješavina primera prikladna je za obrnutu transkripciju RNA bez poli(A) repova, kao što su rRNA, tRNA, nekodirajuće RNA, male RNA, prokariotska mRNA itd., degradirana RNA i RNA s poznatim sekundarnim strukturama.
Što je Oligo dT?
Oligo dT primer je niz od 12 – 18 deoksitimina (dT). Slijed primera može se predstaviti kao 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Koristi se za proizvodnju cDNA iz mRNA koja sadrži poli(A) rep. U osnovi, djeluje kao početnica za reakciju kataliziranu reverznom transkriptazom. Tijekom obrnute transkripcije, oligo dT primer spaja se s poli-adeniliranim repom koji se nalazi na 3´ kraju većine eukariotskih mRNA i započinje proces.
Slika 02: Reverzna transkripcija pomoću Oligo dT Primera
Za razliku od nasumičnog početnica, oligo dT početnica nije prikladna za degradiranu RNA ili RNA koja nema poli(A) repove, uključujući prokariotsku RNA i mikroRNA.
Koje su sličnosti između Random Primera i Oligo dT?
- Nasumični primer i oligo dT početnica dvije su vrste početnica koje se koriste u obrnutoj transkripciji i stvaranju cDNA.
- Korištenje nasumičnog primera i oligo dT primera zajedno povećava osjetljivost sinteze cDNA.
- To su jednolančani kratki nukleotidni nizovi.
Koja je razlika između Random Primera i Oligo dT?
Nasumična početnica je kratka oligonukleotidna sekvenca sastavljena od nasumične sekvence. U međuvremenu, oligo dT primer je kratka nit sastavljena od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između slučajnih primera i oligo dT. Sekvenca nasumičnog primera je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ili C. Dok je slijed oligo dT primera 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Stoga ovo možemo smatrati još jednom razlikom između nasumičnih primera i oligo dT.
Štoviše, nasumični primeri ne pokazuju specifičnost predloška i žare se s bilo kojom vrstom RNA, dok oligo dT primeri pokazuju specifičnost za poli(A) repove eukariotske mRNA.
Sljedeća infografika sažima razliku između nasumičnih primera i oligo dT.
Sažetak – Nasumični primeri vs Oligo dT
Nasumična početnica i oligo dT početnica dvije su vrste početnica koje se koriste u sintezi cDNA. Nasumična početnica sastoji se od mješavine oligonukleotida, koji predstavljaju sve moguće sekvence heksamera, dok je oligo dT početnica jednolančana sekvenca od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između slučajnih primera i oligo dT. Osim toga, oligo dT početnice su korisne za reverznu transkripciju RNK pune duljine s poli(A) repom, dok su nasumične početnice korisne za reverznu transkripciju većine vrsta RNK, uključujući degradiranu RNK, RNK bez poli(A) repova i RNK koja sadrži sekundarne strukture. Stoga nasumična početnica ne pokazuje specifičnost predloška dok oligo dT početnica pokazuje specifičnost prema eukariotskoj mRNA koja sadrži poli(A) rep.
