Ključna razlika – sonda vs Primer
Molekularna sonda mali je fragment DNA ili RNA koji prepoznaje komplementarne sekvence u DNA ili RNA i omogućuje identifikaciju ciljne sekvence. Primer je mali dio DNA ili RNA koji služi kao početna točka za sintezu DNA. Primeri i sonde hibridiziraju se s komplementarnim nukleotidima predloške DNA ili ciljne DNA. Međutim, ključna razlika između sonde i početnice je u tome što su početnice neophodne za replikaciju DNK, dok su sonde neophodne za otkrivanje specifičnih sekvenci u uzorku DNK.
Što je sonda?
Sonda je mali fragment DNA ili RNA koji se koristi za otkrivanje ciljne DNA ili RNA u uzorku molekularnom hibridizacijom. Također su poznati kao molekularni markeri. Duljina sonde može varirati (100 do 1000 baza), a nukleotidi sonde su komplementarni dijelu ciljne sekvence. Radi lakšeg otkrivanja, sonde su obilježene radioaktivnim izotopima ili fluorescentnim bojama ili antitijelima. Probe se vežu s komplementarnim bazama ciljne sekvence i otkrivaju prisutnost ciljne DNA ili RNA u uzorku. Postoje dvije glavne metode označavanja sondi: označavanje kraja i prevođenje nadimaka. Sonde su kategorizirane u različite tipove uključujući DNA sonde, RNA sonde, cDNa sonde i sintetičke oligonukleotidne sonde, a pripremaju se različitim tehnikama.
Sonde su važni alati u mnogim mikrobnim i molekularnim područjima kao što su virologija, forenzička patologija, testiranje očinstva, DNK otisci prstiju, otkrivanje genetskih bolesti, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija, itd.
Slika 01: Fluorescentno obilježena sonda korištena u FISH-u za detekciju patogena
Što je Primer?
Primer je kratki DNA ili RNA fragment koji služi kao inicijator za sintezu DNA. Enzim DNA polimeraza dodaje nukleotide u 3’ OH skupinu sekvence početnica i sintetizira novi lanac komplementaran matičnoj DNA. Primeri su vrlo kratki fragmenti duljine od 18 do 20 nukleotida. Oni se kemijski sintetiziraju u laboratoriju za in vitro DNA amplificiranje (PCR). Primeri mogu imati bilo koju sekvencu nukleotida budući da ih dizajnira korisnik. Oni se sintetiziraju kako bi se uskladili s komplementarnim bazama uzorka DNK. Stoga može imati bilo koji niz nukleotida. Primeri su od najveće važnosti za replikaciju DNK jer DNK polimeraza ne može sintetizirati novu DNK bez već postojećeg dijela DNK. Prilikom dizajniranja početnica za PCR potrebno je uzeti u obzir sljedeće stvari:
- Primeri trebaju sadržavati komplementarne nukleotide bočnog kraja DNK koji se želi pojačati.
- Primeri trebaju imati temperaturu taljenja između 55 – 65 0C
- Sadržaj G i C treba biti između 50 i 60%.
Dva početnica se koriste u PCR-u kao naprijed i nazad za replikaciju oba lanca uzorka DNK. Primeri se obično koriste za izvođenje PCR i DNA sekvencioniranja.
Slika 02: Žarenje primera u PCR-u
Koja je razlika između Probe i Primera?
Sonda vs Primer |
|
| Sonda je mali fragment DNA/RNA koji se koristi za otkrivanje prisutnosti ciljne sekvence u uzorku molekularnom hibridizacijom. | Primer je mali dio DNK ili RNK koji služi kao početna točka za replikaciju DNK. |
| Funkcija | |
| Ovo otkriva prisutnost specifične sekvence u uzorku DNK ili RNK. | Ovo služi kao početna točka za sintezu DNK. |
| Duljina | |
| Duljina može biti u rasponu od 100 – 1000 baza | Dužina je općenito oko 18 – 20 baza |
| Uvezivanje s komplementarnim slijedom | |
| Sonda hibridizira s komplementarnim bazama ciljne sekvence | Primer se žari s komplementarnim bazama DNK lanaca. |
| Označavanje | |
| Sonde su označene radi lakšeg otkrivanja | Primeri općenito nisu označeni |
| Upotrijebite u PCR-u | |
| Sonde se ne koriste u PCR-u | Primeri se koriste u PCR |
Sažetak – Sonda vs Primer
Sonda je mali fragment sekvence DNA ili RNA koji se može hibridizirati s komplementarnim nukleotidima za otkrivanje ciljne sekvence u uzorku. Probe se obilježavaju radioaktivno, imunološki ili fluorescentno kako bi se vidjela prisutnost ciljne sekvence. Primer je vrlo mali fragment DNA ili RNA koji djeluje kao početna točka za in vitro pojačanje DNA. DNA polimeraza identificira početnicu 3’ OH grupe i inicira izgradnju novog lanca komplementarnog predlošku. Probe i početnice djeluju na sličan način hibridizacijom s komplementarnim nukleotidima. Stoga je ključna razlika između sonde i primera njihova glavna funkcija.
