Ključna razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK je u tome što je kod ekstrakcije DNK biljke potrebno razbiti staničnu stijenku mljevenjem tkiva u suhom ledu ili tekućem dušiku kako bi se oslobodio stanični sadržaj dok je kod ekstrakcije životinjske DNK, nije potrebno provesti ovaj korak jer životinjske stanice nemaju staničnu stijenku.
Genomska DNK je genetski materijal biljnih i životinjskih stanica. Genomska DNK je jedinstvena za svaku pojedinu biljku ili životinju. Ekstrakcija DNK kvalitetne DNK je preduvjet za molekularna istraživanja. DNK organizama izdvaja se za identifikaciju, dijagnozu bolesti, otkrivanje specifičnih gena i sekvenci, u forenzičke svrhe, testiranje očinstva, sekvenciranje genoma i razvoj lijekova itd. Metoda ekstrakcije DNK razlikuje se ovisno o vrsti stanice – radi li se o životinjskoj ili biljnoj.
Što je ekstrakcija DNK biljke?
DNK iz biljnih stanica ekstrahira se za razne molekularne studije. Potrebno je izdvojiti intaktnu, čistu genomsku DNK. Stoga postoje različite vrste protokola za ekstrakciju DNK koji se razlikuju od protokola za ekstrakciju DNK iz životinjskih stanica. To je zato što biljne stanice imaju staničnu stijenku koju treba razbiti kako bi se izvukao stanični sadržaj.
Ekstrakcija se obično vrši mljevenjem biljnog tkiva u suhom ledu ili tekućem dušiku pomoću mužara i tučka. Tada se stanične membrane poremete, a stanični sadržaj se izvadi u pufer za ekstrakciju. To se obično radi pomoću deterdženta; SDS (natrijev dodecil sulfat) ili CTAB (cetiltrimetilamonijev bromid) pufer. Oslobođena DNA je zaštićena od endogenih nukleaza pomoću kelirajućeg sredstva kao što je EDTA. Štoviše, proteini se odvajaju od DNK pomoću kloroforma ili fenola.
Slika 01: Ekstrakcija DNK biljke
Biljke sintetiziraju polisaharide i polifenole, uključujući flavonoide i druge sekundarne metabolite. Ovi spojevi ometaju ekstrakciju čiste genomske DNK. Stoga većina protokola za ekstrakciju biljne DNK uključuje još jedan korak, kao što je tehnika gradijenta gustoće cezijevog klorida za uklanjanje ovih spojeva.
Većina protokola za ekstrakciju DNK preporučuje korištenje svježih uzoraka lišća za ekstrakciju DNK. Neke metode ne uključuju opasne kemikalije poput tekućeg dušika i fenola. CTAB (Cetyl trimethylammonium bromide) protokol je popularan protokol za ekstrakciju biljne DNK koji olakšava ekstrakciju visokokvalitetne biljne genomske DNK. To je jednostavna, sigurna, pouzdana i isplativa metoda za ekstrakciju biljne DNK. Većina drugih metoda su modificirane verzije CTAB metode.
Što je ekstrakcija životinjske DNK?
Ekstrakcija životinjske DNA je ekstrakcija genomske DNA iz životinjskih stanica za molekularnu analizu. Za razliku od ekstrakcije biljne DNK, razgradnja stanične stijenke nije potrebna za životinjske stanice budući da nemaju staničnu stijenku. Krvne stanice najčešća su vrsta životinjskih stanica koje se koriste u razne svrhe.
Slika 02: Ekstrakcija DNK
Metoda fenol-kloroform jedan je od najboljih izbora za krvne stanice. Prinos i kvaliteta DNK su visoki kada se DNK ekstrahira ovom metodom. To je protokol ekstrakcije DNK tekućina-tekućina, a ova metoda razdvaja molekule DNK na temelju njihove topljivosti u otopinama koje se ne miješaju. Fenol, kloroform i izoamil alkohol tri su glavna sastojka ove metode.
Koje su sličnosti između ekstrakcije DNK biljaka i životinja?
- Tijekom ekstrakcije DNK biljaka i životinja, stanične membrane moraju biti poremećene.
- DNK treba zaštititi od endogenih nukleaza.
- Štoviše, treba spriječiti lomljenje DNK.
- Dostupni su komercijalni setovi za ekstrakciju DNK biljaka i DNK životinja.
- Većina metoda ekstrakcije DNK biljaka i životinja zahtijeva kontinuiranu modifikaciju i standardizaciju.
Koja je razlika između ekstrakcije DNK biljaka i životinja?
Ključna razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK je u tome što ekstrakcija biljne DNK zahtijeva mljevenje biljnog tkiva u suhom ledu ili tekućem dušiku kako bi se razbila stanična stijenka, dok ekstrakcija životinjske DNK ne zahtijeva ovaj korak budući da životinjski stanice nemaju staničnu stijenku. CTAB metoda je jedna od najboljih metoda za ekstrakciju biljne DNK dok je fenol-kloroform metoda jedna od najboljih metoda za ekstrakciju životinjske DNK.
U nastavku infografika prikazuje razlike između ekstrakcije DNK biljaka i životinja.
Sažetak – Ekstrakcija DNK biljaka nasuprot životinja
Dostupne su različite metode za ekstrakciju DNK iz različitih tipova stanica. Stoga se protokoli ekstrakcije DNK biljaka razlikuju od protokola ekstrakcije DNK životinjskih stanica. Ekstrakcija biljne DNK zahtijeva prekid stanične stijenke, stanične membrane i jezgrene membrane, dok ekstrakcija životinjske DNK zahtijeva razgradnju stanične membrane i jezgrene membrane. Što je još važnije, ekstrakcija DNK životinjskih stanica ne zahtijeva kidanje staničnih stijenki mljevenjem u suhom ledu ili tekućem dušiku. Dakle, ovo je ključna razlika između ekstrakcije DNK biljaka i životinja.
