Ključna razlika između prevođenja ureza i popunjavanja kraja je u tome što je prevođenje ureza proces koji stvara obilježene DNK sonde za različite reakcije hibridizacije, dok je popunjavanje kraja tehnika koja stvara zatupljene fragmente dodavanjem nukleotida u jednolančane prevjese.
Prevođenje udubljenja i punjenje kraja dvije su tehnike koje se koriste u molekularnoj biologiji. Nick translacija se koristi za označavanje sondi za hibridizaciju kako bi se otkrile specifične nukleotidne sekvence. Završna ispuna koristi se za izradu zatupljenih fragmenata koji su imali ljepljive krajeve s jednostrukim prevjesima. Obje tehnike imaju veliku važnost i rutinski se izvode u laboratorijima za molekularna istraživanja.
Što je Nick Translation?
Nick translacija je važna tehnika koja se koristi za pripremu obilježenih sondi za razne molekularno biološke tehnike kao što su blotting, in situ hibridizacija, fluorescentna in situ hibridizacija, itd. To je in vitro metoda označavanja DNK. DNA sonde se koriste za identifikaciju specifičnih DNA ili RNA sekvenci. Uz pomoć obilježene sonde, specifični fragmenti mogu se označiti ili vizualizirati iz složene mješavine nukleinske kiseline. Stoga se obilježene sonde pripremaju različitim tehnikama. Nick translacija je jedna takva metoda koja proizvodi obilježene sonde uz pomoć enzima DNaze 1 i DNK polimeraze 1.
Slika 01: Prijevod nadimka
Proces prevođenja Nicka počinje aktivnošću enzima DNaze 1. DNaza 1 uvodi zareze u fosfatnu okosnicu dvolančane DNA cijepanjem fosfodiesterskih veza između nukleotida. Nakon što se nick stvori, proizvest će se slobodna 3′ OH skupina nukleotida, a na nju će djelovati enzim DNA polimeraza 1. 5' do 3' egzonukleazna aktivnost DNA polimeraze 1 uklanja nukleotide iz nicka prema 3' smjeru DNA lanca.
Istovremeno, polimerazna aktivnost enzima DNA polimeraze 1 djeluje i dodaje nukleotide kako bi zamijenili uklonjene nukleotide. Ako su nukleotidi obilježeni, zamjena će se dogoditi označenim nukleotidima, a to će označiti DNK za identifikaciju. Konačno, ova novosintetizirana obilježena DNK može se koristiti kao sonda u raznim reakcijama hibridizacije.
Što je krajnje punjenje?
Ispunjavanje krajeva je tehnika koja se koristi u molekularnoj biologiji za izradu otupljenih fragmenata. Restrikcijska probava proizvodi fragmente s prevjesima. Ovi fragmenti možda neće biti kompatibilni za vezivanje u plazmidne vektore. Vektori su često otupljeni kako bi se omogućilo spajanje nekompatibilnih krajeva. Stoga se fragmenti s prevjesima mogu otupjeti dodavanjem nukleotida komplementarnom lancu korištenjem prepusta kao predloška za polimerizaciju. Ovaj proces je poznat kao završno punjenje.
DNA polimeraze kao što su Klenow fragment DNA polimeraze I i T4 DNA polimeraze kataliziraju završno punjenje. Oni dodaju nukleotide za popunjavanje (5′ → 3′) i žvakanje (3′ → 5′). Jednom kada se ljepljivi krajevi popune, postaju tupi i spremni su za povezivanje u vektor.
Nadalje, punjenje krajeva može se koristiti za označavanje molekula DNK. Međutim, može se koristiti samo za označavanje molekula DNK s ljepljivim krajevima. U usporedbi s prevođenjem nadimaka, popunjavanje kraja je nježnija metoda koja rijetko uzrokuje lomove DNK.
Koje su sličnosti između prijevoda nadimaka i popunjavanja kraja?
- I prevođenje nadimka i popunjavanje kraja su tehnike molekularne biologije.
- Mogu se koristiti za označavanje sondi.
- Oboje su in vitro
Koja je razlika između prijevoda nadimaka i popunjavanja kraja?
Nick prijevod je tehnika koja stvara označene probe za hibridizaciju. Nasuprot tome, krajnje punjenje je tehnika koja stvara tupe fragmente za ligaciju u vektore. Dakle, ovo je ključna razlika između prijevoda nicka i popunjavanja kraja. Nadalje, Nickovo prevođenje zahtijeva upotrebu aktivnosti egzonukleaze 5'na 3', dok završno punjenje ne zahtijeva aktivnost egzonukleaze 5'na 3'.
Infografika u nastavku prikazuje detaljnije razlike između prijevoda nadimka i popunjavanja kraja.
Sažetak – Prijevod nadimaka u odnosu na završno popunjavanje
Nick prijevod je metoda koja uključuje radioaktivno obilježene nukleotide u DNK. Sintetizira obilježene sonde na temelju aktivnosti enzima DNAze 1 i E. coli DNA polimeraze 1. S druge strane, krajnje punjenje je tehnika koja proizvodi tupe fragmente. Kada fragmenti imaju ljepljive krajeve (jednolančane prevjese), potrebno im je zatupiti krajeve kako bi se ligirali u vektore. Krajnje punjenje dodaje kompatibilne nukleotide i stvara fragmente s tupim krajevima kako bi bili kompatibilni za ligaciju. Dakle, ovo sažima razliku između prijevoda nadimka i popunjavanja kraja.
