Ključna razlika između crRNA tracrRNA i gRNA je u tome što je crRNA jedna od dvije vrste RNA CRISPR-a, koja je komplementarna s ciljnom sekvencom DNA, dok je tracrRNA druga vrsta RNA CRISPR-a, koja služi kao vezivna skela za Cas nukleazu i gRNA jedna je od dvije glavne komponente CRISPR-Cas9 sustava bakterija i arheja koji prepoznaje ciljnu DNA i vodi Cas proteine da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNA.
CRISPR označava grupirana pravilna isprekidana kratka palindromska ponavljanja. To je jedan od imunoloških sustava kod bakterija i arheja. Bakterije i arheje koriste ovaj sustav kako bi se zaštitile od virusnih patogena. To je jedan od najčudesnijih mehanizama koji uključuje uspješnu genetsku modifikaciju. Ovaj mehanizam (CRISPR-Cas9) koristi se kao novi alat za uređivanje gena u biotehnologiji. Donijela je novi napredak biotehnologiji, posebno u području genetskog inženjeringa.
Postoje dvije glavne komponente CRISPR-Cas9 sustava. One su nukleaze vodiče RNA (gRNA) i CRISPR (Cas). Vodeća RNA je specifična RNA sekvenca koja vodi Cas proteine da cijepaju ciljnu DNA. Vodeća RNA se sastoji od dvije vrste RNA. To su crispr RNA (crRNA) i tracrRNA. Nukleaze povezane s CRISPR-om (Cas) su nespecifične endonukleaze koje čine dvostruke prekide u ciljnoj DNK. Praveći dvolančane prekide u ciljnoj DNK, bakterije i arheje usmjeravaju svoje endogene mehanizme popravka da deaktiviraju virusnu DNK.
Što je crRNA?
crRNA ili Crispr RNA jedna je od dvije vrste RNA vodiča. Strukturno, to je niz od 17-20 nukleotida. Najvrjednije svojstvo crRNA je to što je komplementarna ciljnoj DNA. Stoga se crRNA podudara sa sekvencom virusne DNA. Specifičnost CRISPR-Cas 9 sustava ovisi o crRNA. U bakterijama, crRNA postoji spojena na tracrRNA sekvencu, što je drugi tip CRISPR RNA. Proizvodnja crRNA je potaknuta ponovnim izlaganjem bakterija virusu. Kada je izložen, dolazi do transkripcije gena koji kodira crRNA. Tada se pokreće obrambeni mehanizam protiv virusa.
Slika 01: Sustav CRISPR-Cas9
Što je tracrRNA?
Trans-aktivirajuća crRNA ili tracrRNA je drugi dio guideRNA ili CRISPR RNA. Izgovara se kao tracer RNA. tracrRNA služi kao skela za vezanje endonukleaze Cas 9 proteina. Drugim riječima, tracrRNA radi kao ručka za vođenje Cas9 prema ciljnoj DNK. Strukturno, tracrRNA ima 42 nukleotida. Postoji u kombinaciji s crRNA.
Što je gRNA?
Guide RNA ili gRNA jedna je od dvije glavne komponente CRISPR-Cas9 imunološkog sustava. To je specifična RNA sekvenca sastavljena od dva elementa: crRNA i tracrRNA. gRNA prepoznaje ciljnu DNA i usmjerava Cas proteine da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNA. Da bi to učinila, crRNA se sastoji od komplementarne sekvence ciljne DNA dok tracrRNA vodi Cas proteine koji rade kao ručka.
Slika 02: gRNA
Dizajniranje ispravne gRNA ključni je korak u CRISPR-Cas9 alatu za uređivanje gena. Stoga uspjeh i učinkovitost uređivanja CRISPR sustava ovise o ispravnom slijedu gRNA. gRNA se može eksprimirati u stanicama iz transfektiranog plazmida. Kada se klonirani plazmidi uvedu u stanice, stanice domaćina stvaraju gRNA. Najčešće generirana gRNA sastoji se od 100 parova baza.
Koje su sličnosti između crRNA tracrRNA i gRNA?
- crRNA, tracrRNA i gRNA su RNA sekvence koje se nalaze u bakterijama i arhejama.
- Svi pripadaju CRISPR sustavu.
- gRNA se sastoji od crRNA i tracrRNA.
- Uključeni su u prepoznavanje DNK bakteriofaga i vođenje endonukleaza prema ciljnoj DNK.
- Dakle, sva tri tipa RNA uključena su u usmjeravanje Cas9 nukleaze da napravi dvolančane prekide u invaziji stranih genetskih materijala.
- Uspjeh CRISPR eksperimenta ovisi o sve tri vrste RNA.
Koja je razlika između crRNA tracrRNA i gRNA?
crRNA je dio gRNA CRISPR-a koji je komplementaran ciljnoj DNA, dok je tracrRNA drugi dio gRNA, koji služi kao skela za vezivanje za Cas nukleazu.gRNA je kombinacija crRNA i tracrRNA i jedna je od dviju komponenti CRISPR-Cas9 sustava, koji prepoznaje ciljnu DNK i vodi nukleaze da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između crRNA tracrRNA i gRNA.
Sljedeća tablica sažima razliku između crRNA tracrRNA i gRNA.
Sažetak – crRNA vs tracrRNA vs gRNA
CRISPR-Cas9 sustav je imunološki sustav bakterija i arheja. Ovaj se sustav koristi kao alat za uređivanje gena u biotehnologiji. CRISPR se sastoji od dvije vrste RNA, naime CRISPR RNA (crRNA) i transaktivirajuće CRISPR RNA (tracrRNA). Oni su zajednički poznati kao vodična RNK ili gRNA. Ova RNK prepoznaje ciljne sekvence napadačkih patogena i vodi endonukleaze da naprave dvostruke prekide u ciljnoj DNK. Nakon što se u stranom genetskom materijalu naprave dvolančani prekidi, endogeni mehanizam popravka (nehomologno spajanje krajeva; NHEJ) inaktivira stranu DNK uvođenjem mutacija. Dakle, ovo sažima razliku između crRNA tracrRNA i gRNA.
