Ključna razlika – vodoravna naspram okomita gel elektroforeza
Gel elektroforeza je laboratorijska tehnika koja se koristi u genetici za razdvajanje smjesa koje sadrže DNA, RNA i druge proteine prema njihovom odgovarajućem naboju i veličini molekule. DNA, RNA ili proteini koji se ovom metodom trebaju odvojiti prolaze kroz gel koji sadrži male pore. Molekule se tjeraju kroz gel pomoću električnog polja. Molekule prolaze kroz pore gela, a brzina kretanja obrnuto je proporcionalna njihovoj duljini. Stoga će se molekule s manjom molekularnom veličinom kretati brže od molekula s većom molekularnom težinom. Električno polje nastaje zbog razlike u naboju na dva kraja gela. Jedan kraj sadrži pozitivan naboj, a drugi kraj sadrži negativan naboj. Budući da su molekule DNA i RNA negativno nabijene, one će biti privučene prema pozitivno nabijenom kraju gela. Gel elektroforeza može se provoditi u dvije različite metode: horizontalna gel elektroforeza i vertikalna gel elektroforeza. U horizontalnoj gel elektroforezi, gel je prisutan u vodoravnoj orijentaciji i uronjen je u kontinuirani tekući pufer koji je prisutan unutar same kutije gela. U vertikalnoj gel elektroforezi puferski sustav je usmjeren okomito i diskontinuiran je s dvije komore prisutne na vrhu i dnu s katodom i anodom, respektivno. Ovo je ključna razlika između horizontalne i vertikalne gel elektroforeze.
Što je horizontalna gel elektroforeza?
Horizontalna gel elektroforeza koristi osnovnu teoriju za odvajanje molekula DNA, RNA ili proteina prema njihovoj veličini i naboju molekula. U ovoj tehnici, gel je prisutan u horizontalnoj orijentaciji i uronjen je u pufer koji je kontinuiran. Agarozni gel se koristi za odvajanje kutije gela u dva odjeljka. Jedan kraj kutije za gel sadrži anodu, dok drugi kraj sadrži katodu. Kada se primijeni struja, međuspremnik koji se koristi u ovoj tehnici omogućuje stvaranje gradijenta naboja. Kada se nabije, gel ima tendenciju zagrijavanja. Međuspremnik također funkcionira kao rashladno sredstvo koje održava temperaturu na optimalnoj razini. Recirkulacija tekućeg pufera sprječava stvaranje pH gradijenta. Diskontinuirani puferski sustav ne može se koristiti u vodoravnoj gel elektroforezi budući da su dva odjeljka gel sustava povezana s tekućim puferom. Akrilamid se koristi tijekom gel elektroforeze za odvajanje proteinskih smjesa.
Slika 01: Horizontalna gel elektroforeza
U horizontalnoj gel elektroforezi, akrilamid se ne može koristiti jer je kutija s gelom izložena kisiku. Zbog prisutnosti kisika, polimerizacija akrilamida je inhibirana, a to ometa stvaranje gela. Horizontalna gel elektroforeza je metoda bez napora koja se koristi za razdvajanje DNA i RNA.
Što je vertikalna gel elektroforeza?
Tehnika vertikalne gel elektroforeze funkcionira prema primarnoj teoriji gel elektroforeze, ali se smatra složenijom od metode horizontalne gel elektroforeze. Ova tehnika koristi diskontinuirani međuspremnik. Katoda se nalazi u gornjoj komori, a anoda se nalazi u donjoj komori. Elektrode prisutne u svakom odjeljku osiguravaju potrebno električno polje. Između dvije postavljene staklene ploče ulije se tanak sloj gela. Stoga je gornji dio gela uronjen u gornju komoru, a donji dio gela uronjen je u komoru na dnu. Nakon što se struja primijeni, mali dio pufera kreće se u donju komoru iz gornje komore kroz gel. Struja primijenjena u ovoj tehnici je minutnih jedinica.
Slika 02: Vertikalna gel elektroforeza
U vertikalnoj gel elektroforezi, pufer teče samo kroz gel. To omogućuje točnu kontrolu gradijenta napona tijekom faze odvajanja. Akrilamidni gel se može koristiti budući da odjeljci nisu izloženi atmosferskom kisiku. Zbog manje veličine pora akrilamidnog gela, precizno odvajanje može se postići većom rezolucijom.
Koje su sličnosti između vodoravne i okomite gel elektroforeze?
- Oba sustava funkcioniraju prema osnovnoj teoriji gel elektroforeze.
- Anoda i katoda koriste se za osiguranje potrebnog električnog polja u oba sustava.
Koja je razlika između vodoravne i okomite gel elektroforeze?
Horizontalna naspram vertikalna gel elektroforeza |
|
| Horizontalna gel elektroforeza je tehnika gel elektroforeze u kojoj je gel prisutan u horizontalnoj orijentaciji. | Okomita gel elektroforeza je tehnika gel elektroforeze u kojoj je gel okomito usmjeren. |
| Međuspremnik | |
| Horizontalna gel elektroforeza sastoji se od kontinuiranog pufera. | Pokretni pufer je diskontinuiran u vertikalnoj gel elektroforezi. |
| Upotreba akrilamida | |
| Akrilamid se ne može koristiti za horizontalnu gel elektroforezu jer je kutija s gelom izložena atmosferskom kisiku. | Budući da gel nije izložen atmosferskom kisiku zbog dvije odvojene komore, akrilamid se može koristiti za vertikalnu gel elektroforezu. |
| Funkcija | |
| Horizontalna gel elektroforeza se češće koristi za odvajanje mješavina DNA i RNA, ali ne i proteina. | Okomita gel elektroforeza koristi se za odvajanje mješavina proteina. |
Sažetak – vodoravna naspram okomita gel elektroforeza
Gel elektroforeza je laboratorijska tehnika koja se široko koristi u razdvajanju smjesa koje sadrže molekule DNA, RNA i proteina. Postoje dvije metode gel elektroforeze: horizontalna i vertikalna gel elektroforeza. U horizontalnoj gel elektroforezi, tekući pufer je kontinuiran, dok je u vertikalnoj gel elektroforezi diskontinuiran. To je razlika između horizontalne i vertikalne gel elektroforeze. Oba sustava funkcioniraju prema zajedničkom principu gel elektroforeze.
Preuzmite PDF verziju vodoravne i okomite gel elektroforeze
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za izvanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. PDF verziju preuzmite ovdje. Razlika između vodoravne i okomite gel elektroforeze.
