Ključna razlika između FISH i CGH je ta što je FISH molekularna tehnika koja detektira specifičnu sekvencu DNK na kromosomu pomoću fluorescentno obilježenih sondi, dok je CGH druga molekularna citogenetička tehnika koja detektira promjene u genomskoj DNK.
Citogenetska analiza igra važnu ulogu u medicini pri otkrivanju kromosomskih abnormalnosti kao što su aneuploidije, delecije, duplikacije i preraspodjele, itd. Kromosomske abnormalnosti na kraju dovode do genetskih bolesti kao što su rak, neplodnost, Downov sindrom, Klinefelterov sindrom, Turnerov sindrom, leukemija, itd. Postoje različite molekularne citogenetičke metode za otkrivanje gore navedenih nedostataka i bolesti. Među njima, FISH (fluorescentna in situ hibridizacija) i CGH (komparativna genomska hibridizacija) dvije su snažne tehnike hibridizacije. Međutim, obje metode imaju prednosti i mane.
Što je RIBA?
FISH je tehnika hibridizacije nukleinskih kiselina koja se izvodi na dijelu ili presjeku tkiva, u cijelom tkivu ili stanicama. To je metoda koja se temelji na sondi. Tehnika ovisi o teoriji Watson Crick komplementarnog sparivanja baza, što rezultira ili hibridima DNA – DNA ili hibridima DNA – RNA, koji na taj način mogu detektirati mutirane gene ili mogu identificirati gen od interesa. Nadalje, ova tehnika koristi sekvence jednolančane DNA, sekvence dvolančane DNA, sekvence jednolančane RNA ili sintetičke oligonukleotide pripremljene upotrebom nick translacije kao probe koje su komplementarne sekvencama gena od interesa. Osim toga, najvažnija značajka ove tehnike je označavanje sondi fluorescentnim bojama. Dakle, sonde se vežu s komplementarnim dijelovima kromosoma i olakšavaju detekciju.
Štoviše, FISH je vrlo osjetljiva i specifična metoda. Stoga je to uobičajena tehnika u istraživanju i dijagnozi hematoloških zloćudnih bolesti i solidnih tumora. Ali, FISH pokazuje nisku rezoluciju. Također zahtijeva prethodno poznavanje ciljne abnormalnosti za dizajniranje sekvenci sonde.
Slika 01: RIBA
Postoje mnoge primjene FISH-a, uglavnom u molekularnoj dijagnostici zaraznih bolesti za prepoznavanje prisutnosti patogena i potvrđivanje patogena putem molekularne dijagnostike. Štoviše, FISH je često korištena tehnika u područjima razvojne biologije, kariotipizacije i filogenetske analize i fizičkog mapiranja kromosoma.
Što je CGH?
Usporedna genomska hibridizacija (CGH) je još jedna molekularna citogenetička tehnika koja se temelji na DNK i koja može detektirati promjene genomskih DNK sekvenci. Metoda je napredna metoda koja može analizirati modifikacije kromosoma i gena kako bi se otkrile promjene ili izmjene u sekvencama genomske DNK. Nadalje, CGH zahtijeva izolaciju i fragmentaciju DNA iz eksperimentalnog i referentnog uzorka. Zatim, uzorke treba označiti pomoću dvije različite fluorescentne boje (obično crvenom i zelenom). Kasnije se oba uzorka pomiješaju i dopuste kompetitivnoj hibridizaciji. Posljednji korak je analiza uzoraka na promjene u DNK kao što su umnožavanje gena, gubitak gena, itd. Posebno se mjere razlike u broju kopija DNK između testnog i kontrolnog uzorka.
Slika 02: CGH
Još jedna verzija CGH je sada dostupna; to je naprednija metoda od uobičajenog CGH. To je tehnika koja se zove CGH baziran na nizu ili aCGH. aCGH omogućuje preciznu identifikaciju brisanja gena ili sekvenci u mnogo tisuća sekvenci u jednom eksperimentu.
Koje su sličnosti između FISH i CGH?
- FISH i CGH dvije su molekularne tehnike.
- I FISH i CGH oslanjaju se na hibridizaciju nukleinskih kiselina.
- Također, obje tehnike zahtijevaju dizajnirane sonde za otkrivanje specifičnih DNK ciljeva.
- Koristimo ih za prenatalnu i postnatalnu dijagnostiku genetskih bolesti.
- Nadalje, i FISH i CGH su vrlo moćni alati za proučavanje genomskih promjena.
- Koriste fluorescentne boje za označavanje sondi.
Koja je razlika između FISH i CGH?
FISH je in situ hibridizacijski postupak koji koristi fluorescentne sonde za otkrivanje specifičnih sekvenci DNK, dok je CGH tehnika molekularne hibridizacije koja otkriva promjene genomskih sekvenci DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između FISH i CGH.
Štoviše, FISH zahtijeva prethodno znanje o ciljnoj abnormalnosti za dizajniranje sekvenci sonde, dok CGH ne zahtijeva prethodno znanje. Također, daljnja razlika između FISH i CGH je da FISH pokazuje ograničenu rezoluciju dok aCGH pokazuje visoku rezoluciju.
Donja infografika sažima razliku između FISH-a i CGH.
Sažetak – FISH vs CGH
FISH i CGH dvije su molekularne citogenetičke tehnike koje olakšavaju detekciju sekvenci gena od interesa. FISH olakšava detekciju specifične sekvence DNK na kromosomu pomoću fluorescentno obilježenih sondi, dok CGH olakšava detekciju promjena u genomskoj DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između FISH i CGH.
