Ključna razlika između CGH i array CGH je u tome što je CGH tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacija broja kopija u DNA test uzorka koji ima nižu rezoluciju, dok je array CGH potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analiziranje varijacije broja kopija u DNK ispitnog uzorka koji ima veću rezoluciju.
CGH i array CGH dvije su tehnike za otkrivanje varijacija broja kopija kod pojedinaca. Varijacija broja kopija odnosi se na dijelove genoma koji se ponavljaju. Broj kopija razlikuje se od osobe do osobe. Varijacije broja kopija općenito se kategoriziraju u dvije skupine: kratka ponavljanja i duga ponavljanja. Jedan od najpoznatijih primjera varijacije broja kratkih kopija je ponavljanje CAG trinukleotida u genu za huntingtin. To uzrokuje neurološki poremećaj zvan Huntingtin. Najbolji primjer za varijaciju broja kopija dugih ponavljanja je gen alfa amilaze, koji uzrokuje inzulinsku rezistenciju. Varijacije broja kopija mogu se otkriti tehnikama kao što su FISH, CGH i array CGH.
Što je CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka u usporedbi s referentnim uzorkom. Ima nižu rezoluciju u usporedbi s automatiziranim tehnikama. Cilj ove tehnike je brzo i učinkovito usporediti dva uzorka genomske DNK koji potječu iz različitih izvora.
Slika 01: CGH
Postupak uključuje izolaciju DNK iz dva izvora: testnog i referentnog. Zatim je sljedeći korak neovisno označavanje testnih i referentnih DNA uzoraka fluoroforima različitih boja. Kasnije su dva uzorka DNK denaturirana kako bi se dobili uzorci jednolančane DNK. Na kraju je izvršena hibridizacija dva dobivena uzorka DNK u omjeru 1:1 za normalno metafazno širenje kromosoma. Kromosomske razlike mogu se identificirati između dva izvora pomoću fluorescentnog mikroskopa i računalnog softvera. Nadalje, CGH tehnika može otkriti samo neuravnotežene kromosomske abnormalnosti.
Što je Array CGH?
Array CGH je potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacija broja kopija u DNK testnog uzorka u usporedbi s referentnim uzorkom. Ima veću rezoluciju i razvijen je kako bi se ograničenja tradicionalnog CGH svela na minimum. Array CGH kombinira načela CGH s upotrebom mikronizova. Umjesto korištenja metafaznog širenja kromosoma, ova metoda koristi slajdove s malim segmentima DNK kao mete. Ovi mikronizovi napravljeni su taloženjem i imobilizacijom male količine DNK (sonde) na čvrstom staklenom nosaču. Veličina sondi može varirati od oligonukleotida do bakterijskog umjetnog kromosoma.
Slika 02: Niz CGH
Bez obzira na sonde, osnovna metoda niza CGH slična je CGH. Nakon što se pripreme sonde koje sadrže mikroniz, dva uzorka DNK (testni i referentni) označena fluoroforima različitih boja pomiješaju se i dodaju u mikroniz. Budući da je DNK u uzorcima jednolančana zbog denaturacije, ova se DNK hibridizira s nizom jednolančanih proba. Pomoću sustava digitalnog snimanja moguće je identificirati kromosomske razlike između dva izvora.
Koje su sličnosti između CGH i Array CGH?
- CGH i niz CGH dvije su tehnike za otkrivanje varijacija broja kopija.
- To su molekularne citogenetičke metode.
- Obje metode dijagnosticiraju neuravnotežene kromosomske abnormalnosti.
- Fluorofori su uključeni u obje metode.
- Obje metode mogu se koristiti za otkrivanje genetskih poremećaja zbog varijacija broja kopija.
- Široko se koriste u komparativnoj genomskoj analizi.
Koja je razlika između CGH i Array CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacija broja kopija u DNA testnog uzorka koja ima nižu rezoluciju, dok je array CGH potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacija broja kopija u DNA testnog uzorka koji ima veću rezoluciju. Dakle, ovo je ključna razlika između CGH i polja CGH. Nadalje, u CGH, testni i referentni uzorci DNK hibridiziraju se s normalnim metafaznim širenjem kromosoma, ali u nizu CGH, testni i referentni uzorci DNK hibridiziraju s imobiliziranim DNK probama koje sadrže mikroniz.
Infografika u nastavku navodi razlike između CGH i polja CGH u tabelarnom obliku za usporedbu.
Sažetak – CGH vs Array CGH
CGH i array CGH dvije su molekularne citogenetičke tehnike za otkrivanje neuravnoteženih kromosomskih abnormalnosti. Oni se široko koriste u komparativnoj genomskoj analizi. CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima nižu rezoluciju. Nasuprot tome, array CGH je potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNA testnog uzorka koji ima veću rezoluciju. Dakle, ovo sažima razliku između CGH i niza CGH.
