Ključna razlika između hijerarhijskog sekvenciranja i sekvencioniranja cijelog genoma je u tome što se u hijerarhijskom sekvencioniranju sačmarica genom rastavlja na veće fragmente prije sekvenciranja, dok se u sekvencioniranju sačmarica cijelog genoma cijeli genom rastavlja na male fragmente za sekvenciranje.
Sekvenciranje je važna tehnika u molekularnim procesima, posebice u točnoj identifikaciji vrsta. Zapravo, to je tehnika identificiranja preciznog redoslijeda nukleotida u genu ili genomu. Postoje mnoge tehnike za sekvenciranje. Neki od njih uključuju Maxam Gilbert metodu, Sanger metodu i automatiziranu Sanger metodu.
Što je hijerarhijsko slijed sačmarice?
Hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice jedna je od metoda sekvenciranja. Također se naziva 'sekvenciranje odozgo prema dolje'. Nadalje, ova se metoda sastoji od dva koraka: prvi korak je amplifikacija genoma, a drugi korak je fragmentacija genoma. U ovoj metodi, genom se prvo siječe na velike fragmente. Slijedi kloniranje tih velikih fragmenata u različite domaćine pomoću vektora ili umjetnih kromosoma. Zatim se ti rekombinantni vektori slažu u biblioteku. Tijekom sekvenciranja sačmarice, rekombinantni vektorski klonovi prolaze pojedinačno sekvenciranje. Fragmenti u klonovima prolaze kroz restrikcijsku probavu kako bi se dodatno smanjila veličina genoma, čime se podvrgavaju sekvenciranju.
Slika 01: Hijerarhijski redoslijed sačmarice
Tijekom hijerarhijskog sekvenciranja sačmarice, veliki dijelovi fragmenata moraju biti poredani po redu prije sekvenciranja sačmarice. Odvija se uz pomoć molekularnih markera koji se ugrađuju tijekom procesa kloniranja.
Hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice stvara mapu gena niske rezolucije. Ali stvara mapu uređenog niza. Stoga traje dulje nego izravno sekvenciranje. Cijeli proces se usporava zbog stvaranja knjižnice rekombinantnih vektora. Je li to također radno intenzivna tehnika. Međutim, trenutno je tehnika automatizirana kako bi se olakšao rad.
Što je sekvenciranje cijelog genoma?
Sačmarica sekvenciranja cijelog genoma proces je sekvenciranja u jednom koraku. U ovom procesu prvo se odvija cijepanje cijelog genoma. Nakon toga, svaki od ovih malih fragmenata prolazi nasumično sekvenciranje. Nakon završetka sekvenciranja, slijedi analiza sekvenci. Tijekom analize sekvence preklapajuće sekvence se uklanjaju, a analiza nije uređen proces. Stoga je sastavljanje sekvenci manje učinkovit proces u usporedbi s hijerarhijskim sekvenciranjem sačmarice. Međutim, proces sekvencioniranja cijelog genoma je brži, a analiza cijelog genoma može se odvijati u jednoj instanci.
Koje su sličnosti između hijerarhijskog i cijelog genomskog sekvencioniranja?
- Hijerarhijsko sekvenciranje i sekvencioniranje cijelog genoma dva su pristupa sekvencioniranju.
- Obje se podvrgavaju Sanger sekvencioniranju ili automatiziranim Sangerovim metodama sekvenciranja.
- Uključeni su u sekvenciranje fragmenata DNA i RNA.
- Štoviše, obje su metode važne u molekularnoj dijagnostici iu istraživačke svrhe.
- Trenutno su obje tehnike automatizirane ili temeljene na računalu.
- Obje se tehnike oslanjaju na fragmentaciju genoma.
Koja je razlika između hijerarhijskog i sekvencioniranja cijelog genoma?
Hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice generira fragmente veće veličine u usporedbi s sekvenciranjem sačmarice cijelog genoma, koje radi s malim fragmentima sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog sekvenciranja i sekvenciranja cijelog genoma. Osim toga, hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice sastoji se od dva glavna koraka, dok se sekvenciranje sačmarice cijelog genoma oslanja na jedan veliki korak.
Nadalje, još jedna razlika između hijerarhijskog sekvenciranja i sekvenciranja sačmarice cijelog genoma je ta da je razlučivost veća kod sekvenciranja sačmarice cijelog genoma u usporedbi s hijerarhijskim sekvenciranjem sačmarice.
Donja infografika sažima razliku između hijerarhijskog sekvenciranja i sekvenciranja cijelog genoma.
Sažetak – Hijerarhijsko sekvenciranje u odnosu na sekvenciranje sačmarice cijelog genoma
Hijerarhijsko sekvenciranje i sekvencioniranje cijelog genoma dvije su tehnike za sekvenciranje velikih genoma. Hijerarhijska sekvenca sačmarice je proces sekvenciranja u dva koraka gdje se genom razbija na veće fragmente. Nasuprot tome, sekvencioniranje cijelog genoma je sekvenciranje u jednom koraku gdje se genom razbija na male fragmente i izravno sekvencira. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog sekvenciranja i sekvenciranja cijelog genoma. Štoviše, tehnički aspekti mogu se razlikovati između dvije tehnike.
