Ključna razlika između metagenomike i metatranskriptomike oslanja se na vrstu biomolekula koje se proučavaju u svakom području. Metagenomika proučava DNK, njene sekvence i ponašanje u organizmima, dok metatranskriptomika proučava transkribiranu DNK, uglavnom sekvence mRNA i njeno ponašanje u organizmima.
Metagenomika i metatranskriptomika dva su polja koja su tijekom godina stekla veliku popularnost u odnosu na mikrobnu zajednicu. Važni su u zdravstvu, industriji i poljoprivrednoj biotehnologiji. I metagenomika i metatranskriptomika omogućuju proučavanje pojedinačnih organizama u zajednici i njihovih funkcionalnih uloga koje su ili korisne ili štetne.
Što je metagenomika?
Metagenomika je područje studija koje istražuje deoksiribonukleinsku kiselinu (DNK). Najrelevantniji je za mikrobnu zajednicu. Također, to je naprednije polje u odnosu na genomiku. U genomici se provodi analiza DNK određenog organizma. Međutim, metagenomika uključuje analizu genetskog materijala u zajednici organizama. Dakle, ovo omogućuje proučavanje ponašanja zajednice organizama koji se odnose na jedno stanje ili jednu okolinu.
Slika 01: Metagenomika
Glavna tehnika uključena u studije metagenomike je Sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) koja koristi tehnologiju mikronizova. NGS metode mogu analizirati više organizama u jednoj reakciji na prisutnost ili odsutnost specifičnih sekvenci DNK. Ove DNK sekvence mogu biti odgovorne za jednu bolest ili stanje okoliša. Dakle, koristeći metagenomsko znanje, skrining organizama može se napraviti jednostavno i točno. Sekvenciranje tijekom NGS-a odvija se u kratkim čitanjima i odvija se profiliranje DNK organizama. DNK sekvenca 16s je popularna sekvenca koja se proučava u metagenomici koja se tiče mikroorganizama.
Nakon sekvenciranja zajednice organizama, potrebno je izvršiti usklađivanje sekvenci. Alati kao što je alat Basic Local Alignment Sequence (BLAST) koriste se za ispunjavanje zadatka poravnanja. Nakon usklađivanja, filogenetsko stablo pruža odnos svakog organizma u zajednici i pojedinosti o njegovom ponašanju.
Što je metatranskriptomika?
Metatranskriptomika je područje proučavanja koje se bavi transkriptomom organizma. Transkriptom čini cjelokupne RNA sekvence transkribirane tijekom DNA transkripcije. Sekvence mRNA prisutne u transkriptomu daju informacije o genetskoj ekspresiji. Metatranskriptomika je analiza višestrukih transkriptoma u populacijama ili zajednicama.
Slika 02: Analiza transkriptoma
Studije metatranskriptomike također koriste tehnologije mikronizova za pronalaženje sekvenci kratkih sekvenci za čitanje. Štoviše, metatranskriptomika također uključuje temeljitu bioinformatičku analizu korištenjem alata za usklađivanje i metoda dizajniranja stabla. Međutim, polje metatranskriptomike puno je teže u usporedbi s metagenomikom. Ekstrakcija mRNA ili RNA u cjelini nije tako jednostavna kao što se čini. Budući da je RNA vrlo sklona uništenju i ima vrlo kratko vrijeme života, održavanje i pohranjivanje istih moglo bi biti mogući upit.
Koje su sličnosti između metagenomike i metatranskriptomike?
- Metagenomika i metatranskriptomika su tehnike visoke propusnosti za analizu zajednica organizama, uglavnom mikrobnih zajednica.
- Obje tehnike koriste tehnologiju mikronizova za izvođenje nalaza.
- Dobiveni rezultati često se analiziraju korištenjem BLAST poravnanja i filogenetskih stabala.
- Štoviše, obje tehnike se ne fokusiraju na jedan organizam, već na grupu ili zajednicu organizama.
- Osim toga, oba koncepta također se proučavaju uglavnom u odnosu na mikrobe - glavni razlog je njihova različita uloga.
Koja je razlika između metagenomike i metatranskriptomike?
Metagenomika i metatranskriptomika uključuju analizu genetske materije u zajednici organizama. Dakle, metagenomika se odnosi na obrasce i sekvence DNK, dok se metatranskriptomika odnosi na analizu mRNK ili transkribirane DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između metagenomike i metatranskriptomike.
Štoviše, postupak ekstrakcije razlikuje se u obje tehnike; metagenomika uključuje postupke ekstrakcije DNA, a metatranskriptomika uključuje postupke ekstrakcije RNA. Dakle, ovo je također značajna razlika između metagenomike i metatranskriptomike.
Infografika u nastavku sažima razliku između metagenomike i metatranskriptomike:
Sažetak – Metagenomika vs Metatranskriptomika
Metagenomika i metatranskriptomika nova su područja proučavanja koja analiziraju zajednicu organizama za određeno stanje. Dakle, metagenomika se odnosi na analizu sekvenci DNK. Nasuprot tome, metatranskriptomika se odnosi na analizu RNA sekvenci ili transkribiranih DNA proizvoda. U tom smislu metatranskriptomika omogućuje identifikaciju ekspresije gena za određeni slučaj. Oba su važna u analizi mutacija i njihovih učinaka. To su brze i pouzdanije tehnike koje se koriste prije dijagnoze. Dakle, ovo je sažetak razlika između metagenomike i metatranskriptomike.
