Ključna razlika između konsenzusnog PCR-a i pan PCR-a je u tome što konsenzusni PCR uvijek cilja na očuvane regije, dok Pan PCR cilja na varijabilne regije za identifikaciju različitih sojeva grupe
Lančana reakcija polimerazom (PCR) je tehnika umnožavanja gena koja se sastoji od tri glavna koraka kao što su denaturacija, žarenje i ekstenzija. Ovo se široko koristi u dijagnostici i molekularnoj identifikaciji. Konsenzusne PCR i Pan PCR tehnike temelje se na početnim ciljevima koje koristi svaka vrsta PCR.
Što je Consensus PCR?
Consensus PCR je PCR tehnika koja cilja na očuvanu regiju za određenu vrstu ili rod. Stoga se za umnožavanje biraju visoko konzervirana područja. Pomoću ove metode organizmi se mogu identificirati i razlikovati na temelju njihovog konsenzusa. Ova metoda identificira očuvano područje za određenu vrstu. Na primjer, 16s rRNA regija bakterija ostaje očuvana regija među bakterijama. Stoga je za amplificiranje potreban samo jedan set primera. U većini slučajeva, specifičan univerzalni primer može se koristiti za očuvanu regiju.
Slika 01: PCR tehnika
Slijedeći konsenzusnu PCR metodu, karakterizacija vrste i evolucijski odnosi mogu se zaključiti. Na temelju učinkovitosti amplifikacije određenog uzorka organizma može se zaključiti i konsenzus organizma prema skupini. Nadalje, provođenje konsenzusne PCR je vitalno u filogenetskim studijama. Omogućuje identifikaciju vrste i tumačenje odstupanja određenog organizma prikazanog u smislu zajedničkog pretka.
Što je Pan PCR?
Pan PCR je način multipleksiranja PCR-a. U ovoj tehnici, različiti sojevi se amplificiraju korištenjem različitih ciljnih početnica. Mete, međutim, mogu biti uobičajene mete za skupine sojeva. Stoga se u Pan PCR-u može koristiti više od dva seta primera odjednom. Može se odvijati reakcijskom metodom s jednom cijevi ili reakcijskom metodom s više cijevi. Pan PCR oduzima više vremena i složeniji je u usporedbi s konsenzusnim PCR-om. Iz tog razloga, tumačenje rezultata PCR-a također može biti složenije u Pan PCR-u.
Glavna primjena Pan PCR-a je u molekularnoj dijagnostici. Omogućuje razlikovanje različitih sojeva vrste ciljanim umnožavanjem. Pan PCR je idealna tehnika za identifikaciju različitih sojeva jedne vrste koja uzrokuje bolest. U većini slučajeva, automatizacija Pan PCR tehnika za različita zdravstvena stanja vrlo je važna te je pouzdana i vrlo učinkovita tehnika.
Koje su sličnosti između Consensus PCR i Pan PCR?
- Consensus PCR i Pan PCR dvije su vrste PCR tehnika.
- Oba postupka slijede opći postupak u tri koraka – denaturacija, žarenje i ekstenzija.
- Oni koriste početnice koje su specifične za cilj.
- Obje se reakcije odvijaju u termocikleru.
- Ove reakcije mogu biti automatizirane.
- Oboje se može koristiti u molekularnoj dijagnostici i identifikaciji; međutim, točnost varira.
- Ovi postupci zahtijevaju provjeru valjanosti.
Koja je razlika između Consensus PCR i Pan PCR?
I Consensus i Pan PCR slijede isti rutinski postupak. Međutim, ključna razlika između konsenzusnog PCR-a i Pan PCR-a temelji se na početnim ciljevima koje svaki postupak koristi. Dok konsenzusni PCR uvijek cilja na očuvane regije, Pan PCR cilja na varijabilne regije kako bi identificirao različite sojeve skupine. Zbog ove razlike, protokoli za projektiranje početnica, broj korištenih setova početnica i specifične primjene variraju.
Infografika u nastavku sažima razliku između Consensus PCR i Pan PCR.
Sažetak – Konsenzus PCR vs Pan PCR
PCR, koju je predstavio Mulli, igra važnu revolucionarnu ulogu u primjenama molekularne biologije. Consensus i Pan PCR dvije su vrste PCR-a temeljene na njihovim početnim ciljnim regijama. Dok konsenzusni PCR cilja na očuvane regije, Pan PCR cilja na varijabilne regije i igra važnu ulogu u identifikaciji soja. Zbog ove osnovne razlike između konsenzusnog PCR-a i Pan PCR-a, specifične funkcije svake vrste PCR-a također variraju od filogenetske analize preko molekularne karakterizacije do molekularne dijagnostike.
