Ključna razlika između CDS-a i ORF-a je u tome što je CDS onaj stvarni nukleotidni slijed gena koji se prevodi u protein dok je ORF dio DNA slijeda koji počinje mjestom inicijacije translacije (start kodon) i završava s mjesto završetka prijevoda (zaustavni kodon).
Gen ima kodirajuću sekvencu (CDS). Sastoji se od ukupnog broja egzona gena te start kodona i stop kodona. To je stvarni dio gena koji prevodi i proizvodi protein. Otvoreni okvir za čitanje ili ORF je nukleotidna sekvenca smještena između početnog kodona i stop kodona. Ne postoji zaustavni kodon unutar ORF-a koji prekida genetski kod koji se prevodi u protein. Kod prokariota, CDS i ORF gena su isti.
Što je CDS?
CDS ili kodirajuća sekvenca je dio gena koji se zapravo prevodi u protein. Sastoji se od egzona i dva kodona poznata kao AUG kodon i stop kodon. CDS ne sadrži dvije neprevedene regije: 5’ UTR i 3” UTR. Štoviše, introni nisu uključeni u CDS.
Slika 01: Redoslijed kodiranja
U usporedbi s cijelim genomom pojedinca, kodirajuće sekvence su mali dio. Kodirajuća sekvenca sastoji se od potrebne sekvence nukleotida za izradu sekvence aminokiselina proteina. Stoga su CDS koncentrirani egzoni koji se mogu podijeliti na nukleotidne triplete ili kodone. Kodoni stvaraju aminokiseline.
Što je ORF?
Otvoreni okvir čitanja ili ORF kontinuirani je niz nukleotidnog niza koji počinje početnim kodonom i završava krajnjim kodonom. Jednostavnim riječima, ORF se odnosi na područje nukleotidnog niza koje se nalazi između početnog i završnog kodona. Između, ne postoji stop kodon koji prekida ORF. Nukleotidni slijed između početnog i završnog kodona kodira aminokiseline. Općenito, početni kodon je ATG dok su stop kodoni TAG, TAA i TGA. ORF daje funkcionalni protein kada se transkribira i prevodi. Dakle, ORF uključuje početni kodon, nekoliko kodona u srednjoj regiji i stop kodon. Zanimljivo, ORF ima duljinu koja se može podijeliti s tri.
Slika 02: Otvoreni okvir za čitanje
Kod prokariota, budući da nema introna, ORF je kodirajuća sekvenca gena koja se transkribira izravno u mRNA. Stoga su CDS i PRF isti kod prokariota. Kada se traže geni kod prokariota, lako je otkriti ORF i pronaći gen kod prokariota. U eukariota, budući da postoje introni, ORF je sekvenca kodona koja se formira nakon obrade ili spajanja RNA. ORF je dokaz koji pomaže u predviđanju gena sve dok je ORF vjerojatno dio gena.
Koje su sličnosti između CDS-a i ORF-a?
- Kod prokariota, CDS i ORF su isti.
- Oboje imaju start kodon i stop kodon.
- Imaju niz nukleotida koji se mogu podijeliti s tri.
- Nakon što prevedu, proizvode sekvence aminokiselina.
Koja je razlika između CDS-a i ORF-a?
CDS je stvarni dio gena koji se prevodi u protein dok je ORF dio DNK između početnog i zaustavnog kodona. Dakle, ovo je ključna razlika između CDS-a i ORF-a. Nadalje, CDS ne sadrži introne, ali ORF može sadržavati introne. CDS se u potpunosti transkribira u kompletnu mRNA sekvencu dok ORF može biti dio mRNA sekvence. Dakle, ovo je još jedna razlika između CDS-a i ORF-a.
U nastavku infografika prikazuje razlike između CDS-a i ORF-a.
Sažetak – CDS vs ORF
CDS i ORF dva su važna dijela gena. CDS se odnosi na stvarnu regiju DNA koja se prevodi u protein. ORF je sekvenca DNA koja počinje s početnim kodonom "ATG" i završava s bilo kojim od tri završna kodona (TAA, TAG ili TGA). ORF može biti dio kompletne mRNA gena. Međutim, kodirajuća sekvenca gena transkribira u potpunu sekvencu mRNA. Svi CDS-ovi su ORF-ovi. Ali nisu svi ORF-ovi CDS-ovi. Dakle, ovo sažima razliku između CDS-a i ORF-a.
