Ključna razlika – Exome nasuprot transkriptoma
Gen unutar sebe sadrži kodirajuće i nekodirajuće regije. Kodirajuće sekvence poznate su kao egzoni, a nekodirajuće sekvence poznate su kao introni. Nukleotidni slijed egzona gena predstavlja genetski kod gena za sintezu specifičnog proteina. Dakle, egzoni ostaju u molekuli mRNA. Ukupna egzonska regija genoma poznata je kao egzom i važan je dio genoma. Genetski kod gena pretvara se u genetski kod molekule mRNA koja je potrebna za proizvodnju proteina. Cijele molekule mRNA prepisane u stanici ili staničnoj populaciji u određenom trenutku poznate su kao transkriptom. Ključna razlika između egzoma i transkriptoma je u tome što egzom predstavlja sekvence egzonskih regija genoma dok transkriptom predstavlja ukupnu mRNA stanice ili tkiva u određenom trenutku.
Što je Exome?
Geni se sastoje od egzona, introna i regulatornih sekvenci. Eksoni su genske regije koje se transkribiraju u mRNA sekvencu tijekom transkripcije. Introni i druge nekodirajuće regije uklanjaju se tijekom transkripcije. Nukleotidni slijed egzona određuje genetski kod gena koji sintetizira specifični protein koji kodira. Samo egzoni ostaju unutar mRNA proteina. Zbirka egzona u genomu poznata je kao egzom organizma. Predstavlja dio genoma koji se izražava u genima. Kod ljudi, exome čini 1% genoma. To je dio ljudskog genoma koji kodira proteine.
Slika 01: Exome
Što je transkriptom?
Transkriptom je zbirka svih proteinskih kodirajućih i nekodirajućih transkripata (RNA) u određenom tkivu. Transkriptom predstavlja skup ukupnih molekula mRNA eksprimiranih genima u stanici ili tkivu. Transkriptom stanice može se mijenjati s transkriptomom drugog tipa stanice. Transkriptom je također dinamičan – mijenja se s vremenom kao odgovor na unutarnje i vanjske podražaje. Čak i unutar istog tkiva ili unutar istog tipa stanice, transkriptom se može promijeniti nakon nekoliko minuta.
Transkriptom se razlikuje od egzoma organizma. Transkriptom uključuje samo eksprimirane sekvence egzoma. Iako egzom stanice ostaje isti, transkriptom se razlikuje među stanicama jer ekspresija gena nije ista za sve stanice ili tkiva. U različitim stanicama i tkivima eksprimiraju se samo bitni geni. Ekspresija gena je proces specifičan za tkivo ili stanicu. Reguliraju ga različiti čimbenici uključujući čimbenike okoliša. Stoga transkriptom može varirati ovisno o vanjskim uvjetima okoline.
Transkriptom se koristi kao prekursor za studije proteomike. Svi proteini su izvedeni iz mRNA sekvenci. Translacijske modifikacije mogu rezultirati promjenama u proteinima. Međutim, transkriptom pruža važne osnovne informacije za proteomske studije.
Slika 02: Transkriptom embrionalnih matičnih stanica
Koja je razlika između Exomea i Transcriptomea?
Exome protiv transkriptoma |
|
| Exome je zbirka regija gena za kodiranje proteina. | Transkriptom je zbirka svih transkribiranih RNA uključujući mRNA. |
| Uzorak | |
| Exome se proučava pomoću uzorka DNK. | Transkriptom se proučava pomoću uzorka RNA. |
| Metoda učenja | |
| Sekvenciranje cijelog egzoma je metoda proučavanja egzoma. | RNK sekvenciranje je metoda proučavanja transkriptoma. |
Sažetak – Exome protiv transkriptoma
Egzoni su kodirajuće sekvence gena i određuju sekvence mRNA proteina. Skup ovih kodirajućih sekvenci (egzona) poznat je kao egzom organizma. Geni se prepisuju u molekule mRNA prije stvaranja proteina. Ukupne molekule mRNA stanice ili tkiva u bilo kojem trenutku poznate su kao transkriptom. Transkriptom predstavlja gene koji se aktivno eksprimiraju u mRNA u bilo kojem trenutku. Transkriptom je specifičan za stanicu i tkivo i utječe na uvjete okoline. Ovo je razlika između egzoma i transkriptoma.
