Ključna razlika – VNTR naspram STR
DNK studije imaju golemu korist u razumijevanju i određivanju filogenetskih odnosa, dijagnosticiranju genetskih bolesti i mapiranju genoma organizama. Nekoliko tehnika povezanih s analizom DNK koristi se za identifikaciju određenog gena ili sekvence DNK u grupi nepoznate DNK. Poznati su kao genetski markeri. Genetski markeri koriste se u molekularnoj biologiji za identifikaciju genetskih varijacija između jedinki i vrsta. Tandem ponavljanje promjenjivog broja (VNTR) i kratko tandem ponavljanje (STR) dvije su vrste genetskih markera koji pokazuju polimorfizam među pojedincima. Oba tipa su nekodirajuća repetitivna DNA koja su tandemska ponavljanja. U kromosomima su raspoređeni od glave do repa. VNTR je dio genoma gdje se kratka nukleotidna sekvenca ponavlja nekoliko puta. STR je još jedan dio DNK unutar genoma koji je organiziran kao ponavljajuće jedinice koje se sastoje od dva do trinaest nukleotida u sto puta. Ključna razlika između VNTR i STR je broj nukleotida u ponavljajućem nizu. Ponavljajuće jedinice VNTR sastoje se od 10 do 100 nukleotida dok se ponavljajuća jedinica STR sastoji od 2 do 13 nukleotida. VNTR i STR naširoko se koriste u forenzičkim studijama.
Što je VNTR?
Tandemsko ponavljanje je kratka sekvenca DNK koja se ponavlja od glave do repa na određenom kromosomskom lokusu. Nema druge sekvence ili nukleotida unutar tandem ponavljanja. Postoji nekoliko vrsta tandemskih ponavljanja u genomu. VNTR je vrsta tandemskog ponavljanja među njima koje ima ponavljajuće jedinice koje se sastoje od 10 do 100 nukleotida. VNTR je vrsta minisatelita. Ova tandemska ponavljanja mogu se pronaći u mnogim kromosomima. Oni su raspršeni unutar ljudskog genoma i nalaze se pretežno u subtelomernim regijama kromosoma.
VNTR pokazuju tandemski ponovljeni polimorfizam među pojedincima. Duljina VNTR-a na određenom mjestu kromosoma vrlo je varijabilna među pojedincima zbog varijacija u broju ponavljajućih jedinica organiziranih u tom dijelu DNA. Stoga se VNTR može koristiti kao moćan alat za identifikaciju pojedinaca, a VNTR analiza se koristi u mnogim područjima uključujući genetiku, biološka istraživanja, forenziku i DNK otiske prstiju. VNTR su bili prvi genetski markeri korišteni za kvantificiranje usađivanja transplantata koštane srži. VNTR su također bili prvi polimorfni markeri korišteni u profiliranju DNK u forenzici.
Slika 01: Varijacija VNTR-a kod šest osoba
VNTR analiza provodi se preko polimorfizma dužine restrikcijskih fragmenata nakon čega slijedi Southern hibridizacija. Stoga mu je potreban razmjerno velik uzorak DNK. Tumačenje VNTR profila također je problematično. Zbog ovih ograničenja, upotreba VNTR u forenzičkoj genetici je ograničena i zamijenjena je STR analizom.
Što je STR?
STR je vrlo repetitivan dio DNK koji se sastoji od dvije do trinaest ponavljajućih jedinica nukleotida organiziranih na tandemski način. STR je sličan VNTR-u. Ali razlikuje se od VNTR-a prema broju nukleotida u sekvenci koja se ponavlja i broju ponavljanja. STR je vrsta mikrosatelita.
STR analiza uključena u mjerenje točnog broja jedinica koje se ponavljaju. STR-ovi su vrlo varijabilni među pojedincima, slično VNT-ovima. STR profili razlikuju se od osobe do osobe. Stoga se STR analiza koristi u molekularnoj biologiji za usporedbu specifičnih lokusa na DNK iz dva ili više uzoraka. Stoga se STR-ovi smatraju snažnim genetskim markerima u molekularnoj biologiji. Pruža odličan alat za identifikaciju jedinki zbog njihovog visokog stupnja polimorfizma i relativno kratke duljine.
Trenutno su STR-ovi najčešće korišten alat za analizu genetskog polimorfizma u forenzičkoj genetici. Većina forenzičkih slučajeva uključuje STR polimorfnu analizu. STR lokusi su rašireni po cijelom genomu. Postoje tisuće STR-ova smještenih u kromosomima koji se mogu koristiti u forenzičkoj analizi. STR analiza ne uključuje polimorfizam duljine ograničenja kao VNTR analiza. STR analiza ne reže DNK restrikcijskim enzimima. Koriste se specifične sonde za pričvršćivanje željenih regija na DNA i pomoću PCR tehnike određuju se duljine STR.
Slika 02: STR varijacija između uzoraka
Koje su sličnosti između VNTR i STR?
- VNTR i STR su nekodirajuća DNK.
- Oboje su tandem ponavljanja.
- Oboje pokazuju polimorfizam među jedinkama zbog razlike u duljini dijela DNK.
- Obje se koriste kao snažni genetski markeri u DNK otiscima prstiju i u forenzičkim studijama.
Koja je razlika između VNTR i STR?
VNTR vs STR |
|
| VNTR je nekodirajuća repetitivna DNA koja ima kratki nukleotidni niz koji se ponavlja u tandemu. | STR je jako repetitivan dio DNK koji se sastoji od dvije do trinaest ponavljajućih jedinica nukleotida organiziranih na tandemski način. |
| Veličina | |
| VNTR-ovi su veći od STR-ova. | STR-ovi su manji od VNTR-ova. |
| Broj nukleotida u nizu koji se ponavlja | |
| Ponavljajuća jedinica VNTR sastoji se od 10 do 100 nukleotida. | Ponavljajuća jedinica STR sastoji se od 2 do 13 nukleotida. |
Sažetak – VNTR vs STR
VNTR i STR dva su moćna genetska markera koja se koriste u molekularnoj biologiji, posebno u području forenzičke genetike. VNTR je vrsta minisatelita, a STR je mikrosatelit. VNTR i STR su nekodirajuća DNK koja se jako ponavlja. Oni su tandem ponavljanja. Opća struktura VNTR i STR je ista. Međutim, broj nukleotida u nizu koji se ponavlja i duljina su različiti. VNTR ima ponavljajuće sekvence koje se sastoje od 10 do 100 nukleotida. STR ima ponavljajuće sekvence koje se sastoje od 2 do 13 nukleotida. Ovo je razlika između VNTR i STR.
Preuzmite PDF verziju VNTR vs STR
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za izvanmrežne svrhe prema bilješkama o citatima. Ovdje preuzmite PDF verziju. Razlika između VNTR i STR.
