Ključna razlika – Proteomika naspram transkriptomike
Omic tehnologija je trenutni trend, gdje se različite biomolekule organizma promatraju kao cjelina s obzirom na njihova svojstva i funkcije. Omic tehnologija ima široku lepezu primjena. Različite omike biološkog uzorka uključuju genomiku, proteomiku, transkriptomiku i metabolomiku. Proteomika uključuje potpuno proučavanje svih proteina u živom organizmu. Definira se kao skup svih eksprimiranih proteina u organizmu, njegovih strukturnih i funkcionalnih svojstava. Kompletan skup proteina, dakle, čini proteom. Transkriptomika je cjelovita studija svih molekula messenger RNA (mRNA) prisutnih u živom organizmu. Dakle, transkriptomika se bavi genima koji se aktivno izražavaju u živom organizmu. Ukupni skup mRNA u živom organizmu naziva se transkriptom. Ključna razlika između proteomike i transkriptomike temelji se na vrsti biomolekule. U proteomici se proučava ukupni skup eksprimiranih proteina u živom organizmu, dok se u transkriptomici proučava ukupna mRNA živog organizma.
Što je proteomika?
Pojam proteomika skovan je 1995. godine i prvobitno je definiran kao ukupni proteinski komplement u stanici, tkivu ili organizmu. S napretkom u proteomskim studijama, modificiran je tako da se smatra krovnim pojmom u koji su uključena mnoga studijska polja. Trenutno se pod temom proteomika proučava struktura, orijentacija, funkcije, interakcije, modifikacije, primjene i važnost proteina. Stoga se trenutno provode mnoga istraživanja u području proteomike.
Prve proteomske studije napravljene su kako bi se identificirao sadržaj proteina u Escherichia coli. Mapiranje ukupnog sadržaja proteina učinjeno je pomoću dvodimenzionalnih (2D) gelova. Nakon uspjeha u tome, znanstvenici su prešli na karakterizaciju ukupnog sadržaja proteina u životinja kao što su zamorci i miševi. Trenutačno se mapiranje ljudskih proteina provodi pomoću 2D gel elektroforeze.
Primjene proteomike
Postoje mnoge prednosti proučavanja proteomike, budući da su proteini vodeće molekule većine aktivnosti zbog svojstva katalizatora proteina. Stoga proučavanje cjelovitih proteina može pružiti informacije o zdravstvenom statusu organizma. Neke aplikacije su;
- Napomena o genomu: Proučavanjem sadržaja proteina u organizmu mogu se odrediti točni genomi odgovorni za aktivni proteinski spoj. U ovom scenariju važni su rezultati svih genomika, transkriptomika i proteomika.
- Identifikacija bolesti / dijagnostika: Proteomika se koristi u identifikaciji bolesnog stanja, usporedbom zdravih i bolesnih
- Za provođenje ekspresije proteina proučavane tijekom eksperimentiranja.
- Modifikacije proteina i studije interakcija: Kako bi se koristili proteini in vitro uvjetima ili in vivo uvjetima, kako bi se odredili uvjeti skladištenja ovih ekstrahiranih proteina i proučavalo ponašanje proteina in vitro, in vivo i in – silico metode.
Slika 01: Proteomika
Postoje različite tehnike uključene u proteomiku
- Ekstrakcija ukupnog proteina i odvajanje proteina pomoću 2D gel elektroforeze. Proteini se također mogu odvojiti pomoću tekućinske kromatografije visoke učinkovitosti (HPLC).
- Sekvenciranje ekstrahiranih proteina korištenjem metoda kao što su Edmundova metoda sekvenciranja ili spektrometrija mase.
- Nakon što su sekvence identificirane, strukturna i funkcionalna svojstva sadržaja proteina analiziraju se korištenjem računalnog softvera i bioinformatičkih alata.
Što je transkriptomika?
Izraz transkriptom skovan je nedavno. Transkriptomika je proučavanje ukupnog sadržaja mRNA u organizmu. Ukupna mRNA je eksprimirana DNA u živom organizmu ili stanici. Kompletna zbirka mRNA naziva se transkriptom.
Koraci prema analizi transkriptoma uključuju,
- Ekstrakcija RNA, odvajanje mRNA pomoću kolonske gel kromatografije s poli DT kuglicama.
- Sekvencioniranje mRNA je obavljeno.
Tehnologija mikronizova jedan je od uobičajenih načina identificiranja transkriptoma organizma. Tehnika mikronizova uključuje ploču sonde s komplementarnim nitima transkriptoma. Nakon hibridizacije može se karakterizirati mRNA prisutna u organizmu ili stanicama.
Slika 02: Tehnike transkriptomije
Transkriptomika se danas naširoko koristi u medicini. Dijagnostika bolesti i profiliranje bolesti glavna su polja u kojima se koristi transkriptomika. Analizom transkriptoma organizma može se identificirati strana mRNA, a ako postoje infekcije, može se identificirati. Nekodirajuća RNA može se odvojiti korištenjem transkriptomskih tehnologija. Također se može pratiti ekspresija gena pod različitim okolišnim stresovima.
Koje su sličnosti između proteomike i transkriptomike?
- Oboje čine dio koncepta omic tehnologije.
- Oboje se koristi u dijagnostici bolesti i karakterizaciji bolesti organizma.
- Oba područja istraživanja uključivala su ekstrakciju biomolekule, odvajanje biomolekule i korake sekvenciranja.
Koja je razlika između proteomike i transkriptomike?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomika uključuje potpuno proučavanje svih proteina u živom organizmu. | Transkriptomika je cjelovita studija svih molekula messenger RNA (mRNA) prisutnih u živom organizmu. |
| Proučavana vrsta biomolekule | |
| Proteini se proučavaju u proteomici. | mRNA se proučava u transkriptomiji. |
| Proučavani faktori | |
| Struktura, funkcija, interakcije, modifikacije i primjene proteina proučavaju se u proteomici. | Struktura sekvence, interakcije s okolinom i primjene mRNA proučavaju se u transkriptomici. |
Sažetak – Proteomika vs transkriptomika
Omics igraju važnu ulogu u području znanosti o životu. Proteomika se odnosi na proučavanje proteoma koji tvori kompletnu zbirku proteina u stanici ili organizmu. Transkriptomika se odnosi na proučavanje transkriptoma koji je kompletan skup eksprimirane DNK koja je u obliku mRNA. Dva područja proučavanja, proteomika i transkriptomika, izvedena su nakon uvođenja genomike i trenutno se široko koriste u medicinskoj dijagnostici te u karakterizaciji i probiru organizama. Ovo je razlika između proteomike i transkriptomike.
Preuzmite PDF Proteomics vs Transcriptomics
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za izvanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. Ovdje preuzmite PDF verziju: Razlika između proteomike i transkriptomike
