Ključna razlika – početni vs. obrnuti početni
Lančana reakcija polimeraze (PCR) je metoda umnožavanja DNA koja se koristi u molekularno biološkim primjenama. To je često korištena tehnika koja stvara milijune do milijarde kopija posebno zainteresirane sekvence DNK. To je in vitro metoda koja se izvodi u laboratorijima. PCR tehnika u potpunosti ovisi o komercijalno proizvedenoj DNA polimerazi koja se zove Taq polimeraza. Također zahtijeva nekoliko drugih komponenti i pravilno održavanje temperature. Jedna važna komponenta su primeri. Primeri su kratke sekvence DNA posebno dizajnirane za ciljnu sekvencu DNA. Obično su dugački oko 20 nukleotida. Taq polimeraza katalizira dodavanje nukleotida u već postojeći niz nukleotida. Dakle, primeri služe kao početne točke sinteze novih niti. Taq polimeraza radi samo u smjeru od 5’ do 3’, stoga se sinteza DNK odvija u istom smjeru od 5’ do 3’. Budući da je DNA dvolančana, u PCR-u su potrebne dvije vrste početnica. Poznati su kao prednji početni i obrnuti početni. Prednji i obrnuti početnici nazivaju se na temelju smjera elongacije početnica u DNK kada se dogodi sinteza DNK. Prednji primer spaja se s antisense DNA lancem i pokreće sintezu +ve lanca gena u smjeru od 5’ do 3’. Reverzni primer spaja se sa smislenim lancem i inicira sintezu komplementarnog lanca kodirajućeg lanca; što je -ve lanac gena u smjeru od 5' do 3'. Ovo je ključna razlika između prednjih i obrnutih početnica.
Što je Forward Primer?
Orijentacija naprijed je sinteza kodirajućeg lanca ili osjetilnog lanca gena. Taq polimeraza katalizira sintezu novog lanca u smjeru od 5’ do 3’. Sinteza kodirajućeg lanca događa se kada se početni spoj spaja s nekodirajućim ili antisense lancem i izdužuje se u smjeru od 5' do 3'.
Slika 01: Naprijed i unazad početnici
Primer koji se spaja s antisense lancem ili nekodirajućim lancem ili predložnim lancem poznat je kao prednji početni jer djeluje kao početna točka za sintezu kodirajućeg ili pozitivnog lanca gena. Prednja početnica ima kratku nukleotidnu sekvencu koja je komplementarna 3’ bočnom kraju antisense lanca. Hibridizira se s antisense lancem i omogućuje Taq polimerazi dodavanje nukleotida koji su komplementarni matičnom lancu.
Što je Reverse Primer?
Reverzni primer je kratka DNK sekvenca koja se spaja s 3’ krajem osjetilnog lanca ili kodirajućeg lanca. Reverzni primer služi kao početna točka za sintezu komplementarnog lanca kodirajuće sekvence ili nekodirajuće sekvence. Obrnuta početnica dizajnirana je komplementarno 3' kraju kodirajućeg niza. Stoga se žari s bočnim 3' krajem kodirajućeg lanca i omogućuje Taq polimerazi da sintetizira antisense lanac ili lanac predloška. Budući da je njegova orijentacija na obrnuti način, ovaj primer je označen kao obrnuti početni.
I obrnuti i naprijed početnici važni su za proizvodnju milijuna do milijardi kopija određenih regija DNK koje su ciljane ili zainteresirane.
Koje su sličnosti između Forward i Reverse Primera?
- I prednji i obrnuti početnici napravljeni su od oligonukleotida.
- I prednji i obrnuti početnici posjeduju kratke nukleotidne sekvence komplementarne bočnim krajevima dvostrukih lanaca DNA.
- I prednji i obrnuti početnici obično se sastoje od 20 nukleotida.
- I prednji i obrnuti primeri koriste se u lančanim reakcijama polimeraze.
- I prednji i obrnuti primeri se sintetiziraju komercijalno.
- I Forward i Reverse primeri su temperaturno stabilni i obično imaju sličnu Tm.
- I prednji i obrnuti primeri su žareni s ciljnim sekvencama DNK.
- I prednji i obrnuti primeri dizajnirani su prema PCR reakcijama.
- I prednji i obrnuti primeri služe kao početne točke za pojačavanje DNK.
- I obrnuti i prednji početnici važni su za proizvodnju milijuna kopija određenih regija ciljanih ili zainteresiranih sekvenci DNK.
Koja je razlika između prednjeg i obrnutog početnika?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Forward primer je kratka DNK sekvenca koja se hibridizira s 3’ krajem nekodirajućeg ili predložnog lanca gena i služi kao početna točka za sintezu kodirajuće sekvence. | Reverzni primer je kratka sekvenca DNK koja se hibridizira s 3’ krajem kodirajućeg ili netemplate lanca i služi kao početna točka za sintezu nekodirajuće sekvence. |
| pramen za žarenje | |
| Naprijed temeljno žarenje s predloškom niti. | Reverzni primer žari s pramenom bez šablone. |
| Rezultirajuća nova sekvenca | |
| Forward primer olakšava sintezu sekvence kodiranja. | Obrnuti primer olakšava sintezu nekodirajuće sekvence. |
Sažetak – Naprijed vs obrnuti Primer
Postoje dvije vrste početnica uključenih u PCR tehniku. Oni su prednji i obrnuti početni. Na temelju elongacije početnice u sintezi novog DNK lanca, ove početnice su označene ili imenovane. Taq polimeraza sintetizira novu DNK u orijentaciji od 5’ do 3’. Stoga su primeri dizajnirani kao komplementarni 3' krajevima dvostrukih niti. Prednji primer koji se izdužuje u smjeru od 5' do 3' hibridizira s 3' krajem antisense ili predloška ili nekodirajuće sekvence. Služi kao početna točka za sintezu sekvence kodiranja. Reverzni primer koji se izdužuje u smjeru od 5' do 3' hibridizira s 3' krajem kodirajućeg ili netemplate ili osjetilnog lanca. Služi kao početna točka za sintezu nekodirajuće sekvence. Ovo je razlika između početnika naprijed i natrag.
