Ključna razlika između NGS i WGS je u tome što je sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) masivna paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja ima veliku propusnost, nisku cijenu i brzu, dok je sekvenciranje cijelog genoma (WGS) sveobuhvatna metoda analize cjelokupne genomske DNK stanice u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što je Sanger sekvenciranje, shotgun pristup ili visokopropusno NGS sekvenciranje.
U posljednjih nekoliko desetljeća, razumijevanje genoma ljudi i drugih životinja znatno se povećalo zahvaljujući otkriću tehnika brzog sekvenciranja i bioinformatičkih alata. Konvencionalne tehnike sekvenciranja kao što je Sangerovo sekvenciranje imale su svoja ograničenja, što je zahtijevalo razvoj novih metoda brzog sekvenciranja kao što je sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) i sekvenciranje nanopora. Tehnika sekvenciranja cijelog genoma (WGS) je nedavni pristup koji se već koristi u mnogim genomskim istraživačkim projektima, kao što je 100.000 genomski projekt Genomic England, UK. Dakle, NGS i WGS su dvije metode sekvenciranja koje se trenutno uključuju u mnoge genomske projekte.
Što je NGS?
NGS (sekvenciranje sljedeće generacije) je masivna paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja ima veliku propusnost, nisku cijenu i brzu. Ne postoji precizna definicija za sekvenciranje sljedeće generacije. Ali možemo je jasno razlikovati od konvencionalnih tehnika sekvenciranja temeljenih na kapilarama. Sljedeća generacija sekvenciranja omogućuje sekvenciranje DNA molekule ukupne veličine veće od 1 milijun parova baza u jednom eksperimentu. Nudi neviđenu brzinu i opcije visoke propusnosti, poput dopuštanja sekvenciranja DNK više pojedinaca u isto vrijeme. To se postiže minijaturizacijom volumena pojedinačnih reakcija sekvenciranja. Štoviše, ovo također ograničava veličinu instrumenata i minimizira troškove reagensa po reakciji.
Slika 01: NGS platforme
NGS je metoda sekvenciranja kratkog čitanja koja je već napravila revoluciju u području bioloških istraživanja. Nadalje, NGS se primjenjuje u raznim područjima kao što su de novo sekvenciranje genoma, sekvenciranje cijelog genoma, analiza transkriptoma, sekvenciranje male RNA i mikro RNA, ciljano resekvenciranje i sekvenciranje cijelog egzoma.
Što je WGS?
WGS (sekvenciranje cijelog genoma) sveobuhvatna je metoda analize cijele genomske DNK stanice u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što je Sanger sekvenciranje, shotgun pristup ili NGS sekvenciranje visoke propusnosti. Također je poznato kao potpuno sekvenciranje genoma ili potpuno sekvenciranje genoma. Sekvenciranje cijelog genoma podrazumijeva sekvenciranje cijele kromosomske DNK organizma, kao i DNK u mitohondrijima, a za biljke, DNK u kloroplastu u jednom trenutku. WGS omogućuje znanstvenicima da pročitaju točan slijed svih slova koja čine kompletan skup DNK. Očekuje se da će WGS koji koristi NGS platformu revolucionirati kliničko postavljanje.
Slika 02: WGS u odnosu na hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice
Sekvenciranje cijelog genoma uvedeno je u kliničku skrb 2014. Nadalje, primjena WGS-a uključuje sekvencioniranje gena na razini SNP-a kako bi se odredile funkcionalne varijante u studijama povezanosti, terapijske intervencije u personaliziranoj medicini, evolucijskoj biologiji, komparativnoj genomskoj analizi, studije mutacija i preraspodjele, studije povezanosti rijetkih varijanti i predviđanje osjetljivosti na bolesti i odgovora na lijekove.
Koje su sličnosti između NGS i WGS?
- NGS i WGS dvije su tehnike sekvenciranja.
- Obje tehnike sekvenciraju DNA ili RNA.
- Ove tehnike su nove i pouzdane.
- Oboje se koriste u dijagnosticiranju bolesti i otkrivanju lijekova.
Koja je razlika između NGS i WGS?
NGS je masivna paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja je visoke propusnosti, niske cijene i brza, dok je WGS sveobuhvatna metoda analize cijele genomske DNK stanice u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što su kao Sanger sekvenciranje, shotgun pristup ili NGS sekvenciranje visoke propusnosti. Dakle, ovo je ključna razlika između NGS i WGS. Nadalje, NGS se sastoji samo od metoda sekvenciranja druge generacije, dok se WGS sastoji od metoda sekvenciranja prve, druge i treće generacije.
Sljedeća tablica predstavlja razlike između NGS i WGS u tabelarnom obliku za usporedbu.
Sažetak – NGS vs WGS
U proteklim desetljećima, različite tehnike sekvenciranja rutinski su primjenjivane u suvremenim molekularnim istraživanjima. Čak su i vrlo moćni alati za mnoge kliničke primjene. NGS i WGS su dvije metode sekvenciranja koje se trenutno uključuju u mnoge genomske projekte. NGS je druga generacija tehnologije sekvenciranja koja ima visoku propusnost, nisku cijenu i brzinu. S druge strane, WGS je metoda analize cijele genomske DNK ili pune genomske DNK stanice u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što je Sanger sekvenciranje, shotgun pristup ili visokopropusno NGS sekvenciranje. Dakle, ovo je sažetak razlika između NGS i WGS.
