Ključna razlika između LINE-ova i SINE-ova je u tome što su LINE-ovi (dugi isprepleteni nuklearni elementi) vrsta dužih ne-LTR retrotranspozona dok su SINE-ovi (kratki isprekidani nuklearni elementi) vrsta puno kraćih ne-LTR retrotranspozona.
Retrotranspozoni koji nisu LTR ne sadrže duga terminalna ponavljanja (LTR). Međutim, oni sadrže gene za reverznu transkriptazu, RNA vezni protein, nukleazu i ribonukleazu H domenu. Retrotranspozoni koji nisu LTR imaju kratka ponavljanja. Ova ponavljanja imaju obrnuti redoslijed baza jedna do druge. Osim toga, ne-LTR retrotranspozoni također imaju izravna ponavljanja pronađena u LRT transpozonima. Retrotranspozoni koji nisu LTR spadaju u dvije kategorije kao što su LINE i SINE.
Što su LINIJE?
LINEs (dugo isprepleteni nuklearni elementi) su duži ne-LTR retrotranspozoni. Rasprostranjeni su u genomima eukariota. Obično čine 21,1% ljudskog genoma. Svaka LINIJA duga je oko 7000 parova baza. LINE se mogu prepisati u mRNA i prevesti u protein koji može funkcionirati kao enzim reverzne transkriptaze. Ova reverzna transkriptaza proizvodi DNA kopije LINEs RNA. Ove kopije DNK mogu se integrirati u genom na novom mjestu.
Slika 01: PRAVICE i SINE
Ljudski genom ima samo jednu bogatu LINIJU koja se zove LINIJA-1. Element LINE-1 dugačak je oko 6000 parova baza. Postoji oko 100 000 skraćenih LINE-1 elemenata u ljudskom genomu. Nasumične mutacije mogu se pojaviti u linijama. Zbog nasumičnih mutacija, LINE mogu degenerirati. Više se ne prepisuju niti prevode. Nadalje, LINIJE su grupirane u pet glavnih grupa kao što su L1, RTE, R2, I i jockey. Ovih pet grupa dalje se dijele na još 28 klada.
LINE se normalno šire putem mehanizma koji se naziva ciljni mehanizam reverzne transkripcije (TPRT). Umetanje LINE-a uzrokuje ljudske bolesti poput hemofilije A, raka, mendelskih poremećaja, itd. Hipometilacija LINE-a također izaziva određene vrste raka.
Što su SINE?
SINE (kratki isprekidani nuklearni elementi) vrsta su mnogo kraćih ne-LTR retrotranspozona. Dugi su oko 100 do 700 parova baza. SINE su također elementi DNA koji se umnožavaju kroz eukariotske genome preko RNA intermedijera. SINE čine oko 13% genoma sisavaca. Unutarnje regije SINE potječu od tRNA. Ostaje vrlo očuvan. Često su prisutni kod mnogih vrsta kralježnjaka i beskralješnjaka. Varijacije broja kopija i mutacije u SINE-ovima mogu se uključiti u konstrukciju klasifikacije vrsta temeljene na filogeniji.
SINE se mogu grupirati u tri glavne vrste: CORE-SINE, V-SINE i AmnSINE. Alu element je najčešći SINE kod primata. Štoviše, postoji više od 50 ljudskih bolesti povezanih s umetanjem SINE-a. Kada se umetnu unutar ili blizu egzona, mogu uzrokovati nepravilno spajanje ili promijeniti okvir čitanja. To dovodi do fenotipova bolesti kao što su rak dojke, rak debelog crijeva, leukemija, hemofilija, cistična fibroza, rak debelog crijeva, Dentova bolest, neurofibromatoza itd.
Koje su sličnosti između LINEA i SINESA?
- LINE i SINE su dvije vrste ne-LTR retrotranspozona.
- Oboje nemaju duge terminalne regije (LTR).
- Oboje se pretežno nalazi samo u eukariota.
- Oboje su neautonomni.
Koja je razlika između LINEA i SINESA?
LINE su duži ne-LTR retrotranspozoni, dok su SINE mnogo kraći ne-LTR retrotranspozoni. Dakle, ovo je ključna razlika između LINEA i SINESA. Nadalje, LINES kodira enzim reverzne transkriptaze, dok SINE ne kodira enzim reverzne transkriptaze. Dakle, ovo je još jedna razlika između LINEA i SINESA.
Više razlika između LINEA i SINE-a navedeno je ispod u tabelarnom obliku za usporedbu.
Sažetak – LINIJE vs SINE
Retrotranspozoni se uglavnom nalaze kod svih eukariota, ali ih nema kod prokariota. Približno 37% ljudskog genoma sadrži retrotranspozone. Retrotranspozoni su uglavnom dvije vrste: LTR i ne-LTR retrotranspozoni. Ne-LTR retrotranspozoni ne sadrže duga terminalna ponavljanja (LTR), koja su prisutna u LTR retrotranspozonima. Retrotranspozoni koji nisu LTR dalje se dijele u dvije kategorije: LINE i SINE. LINE su dulji ne-LTR retrotranspozoni, dok su SINE puno kraći ne-LTR retrotranspozoni. Dakle, ovo je sažetak razlika između LINEA i SINESA.
