Ključna razlika – Alpha Helix naspram Beta plisirane plahte
Alfa spirale i beta nabrani listovi su dvije najčešće pronađene sekundarne strukture u polipeptidnom lancu. Ove dvije strukturne komponente su prvi glavni koraci u procesu savijanja polipeptidnog lanca. Ključna razlika između Alpha Helix i Beta Pleated Sheet je u njihovoj strukturi; imaju dva različita oblika za obavljanje određenog posla.
Što je Alpha Helix?
Alfa spirala je desnokretna zavojnica aminokiselinskih ostataka na polipeptidnom lancu. Raspon aminokiselinskih ostataka može varirati od 4 do 40 ostataka. Vodikove veze nastale između kisika C=O skupine na gornjoj zavojnici i vodika iz N-H skupine donje zavojnice pomažu držati zavojnicu zajedno. Vodikova veza se formira za svaka četiri aminokiselinska ostatka u lancu na gore navedeni način. Ovaj uniformni uzorak daje određene značajke kao što je debljina zavojnice i diktira duljinu svakog potpunog zavoja duž osi spirale. Stabilnost strukture alfa spirale ovisi o nekoliko faktora.
O atomi u crveno, N atomi u plavo, a vodikove veze kao zelene točkaste linije
Što je Beta plisirana plahta?
Beta nabrani list, također poznat kao beta list, smatra se drugim oblikom sekundarne strukture u proteinima. Sadrži beta niti koje su bočno povezane s najmanje dvije ili tri okosnice vodikovih veza kako bi tvorile upletenu, nabranu ploču kao što je prikazano na slici. Beta lanac je dionica polipeptidnog lanca; njegova duljina općenito je jednaka 3 do 10 aminokiselina, uključujući okosnicu u proširenoj potvrdi.
4-lančani antiparalelni fragment β lista iz kristalne strukture enzima katalaze.
a) prikazuje antiparalelne vodikove veze (točkasto) između peptidnih NH i CO skupina na susjednim nitima. Strelice pokazuju smjer lanca, a konture gustoće elektrona ocrtavaju ne-H atome. O atomi su crvene kuglice, N atomi su plave, a H atomi su izostavljeni radi jednostavnosti; bočni lanci prikazani su samo do prvog C atoma bočnog lanca (zeleno)
b) Pogled s ruba središnje dvije β niti
U beta nabranim listovima polipeptidni lanci idu jedan uz drugoga. Naziv "plisirana ploča" dobiva zbog valovitog izgleda strukture. Međusobno su povezani vodikovim vezama. Ova struktura omogućuje stvaranje više vodikovih veza istezanjem polipeptidnog lanca.
Koja je razlika između Alpha Helix i Beta Pleated Sheet?
Struktura Alpha Helix i Beta plisirane ploče
Alpha Helix:
U ovoj strukturi, polipeptidna okosnica je čvrsto vezana oko zamišljene osi kao spiralna struktura. Također je poznat kao helikoidni raspored peptidnog lanca.
Stvaranje strukture alfa spirale događa se kada se polipeptidni lanci uvijaju u spiralu. To omogućuje svim aminokiselinama u lancu da međusobno tvore vodikove veze (vezu između molekule kisika i molekule vodika). Vodikove veze dopuštaju spirali da zadrži spiralni oblik i daje čvrstu zavojnicu. Ovaj spiralni oblik čini alfa spiralu vrlo snažnom.
Vodikove veze označene su žutim točkama.
Beta plisirana plahta:
Kada se dva ili više fragmenata polipeptidnog lanca preklapaju jedan s drugim, tvoreći niz vodikovih veza jedan s drugim, mogu se pronaći sljedeće strukture. To se može dogoditi na dva načina; paralelni raspored i antiparalelni raspored.
Primjeri strukture:
Alfa spirala: Nokti na rukama ili nogama mogu se uzeti kao primjer strukture alfa spirale.
Beta nabrani list: Struktura perja slična je strukturi beta nabranog lista.
Značajke strukture:
Alfa spirala: U strukturi alfa spirale postoji 3,6 aminokiselina po zavoju spirale. Sve peptidne veze su trans i planarne, a N-H skupine u peptidnim vezama usmjerene su u istom smjeru, koji je približno paralelan s osi spirale. C=O skupine svih peptidnih veza usmjerene su u suprotnom smjeru i paralelne su s osi zavojnice. C=O skupina svake peptidne veze povezana je s N-H skupinom peptidne veze tvoreći vodikovu vezu. Sve R- skupine usmjerene su prema van od spirale.
Beta nabrani list: Svaka peptidna veza u beta nabranom listu je planarna i ima trans-konformaciju. C=O i N-H skupine peptidnih veza iz susjednih lanaca nalaze se u istoj ravnini i usmjerene su jedna prema drugoj stvarajući među sobom vodikove veze. Sve R- skupine u bilo kojem lancu mogu se alternativno pojaviti iznad i ispod ravnine lista.
Definicije:
Sekundarna struktura: To je oblik savijajućeg proteina zbog vodikovih veza između njegovih amidnih i karbonilnih skupina.
