Ključna razlika – Exome vs RNA sekvenciranje
Sekvenciranje nukleinskih kiselina je tehnika koja određuje redoslijed nukleotida u određenom fragmentu DNA ili RNA organizma. Sekvenciranje je važno u identificiranju sastava DNA i RNA stanice i razlikovanju određenih gena koji kodiraju funkcionalne proteine; stoga se sekvenciranje može koristiti za razumijevanje mutacija ovih gena i ekspresije gena. Sangerova metoda sekvenciranja ili naprednije metode sekvenciranja sljedeće generacije su metode sekvenciranja koje se obično koriste. Sekvenciranje egzoma je sekvenciranje kompletnog skupa egzona ili kodirajućih regija DNA prisutnih u organizmu, dok je sekvenciranje RNA postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA). Ovo je ključna razlika između exome i RNA sekvenciranja.
Što je Exome sekvenciranje?
Exome je podskup genoma koji se sastoji od kodirajućih gena određenog organizma. Kodirajući geni nazivaju se egzoni i transkribiraju se u mRNA, a zatim prevode u sekvence aminokiselina. Tijekom posttranskripcijskih modifikacija, mehanizam spajanja RNA u eukariota uklanja introne (nekodirajuća područja), a egzoni ostaju. Postoje dvije glavne tehnike u kojima se vrši sekvenciranje egzoma: na temelju rješenja i na temelju niza.
U sekvenciranju egzoma temeljenom na otopini, uzorci DNK su fragmentirani korištenjem restrikcijskih enzima ili mehaničkom metodom i denaturirani toplinom. U ovoj tehnici, biotinilirane oligonukleotidne sonde (mamci) koriste se za selektivnu hibridizaciju s ciljnim regijama u genomu. Za korak vezanja koriste se magnetne kuglice streptavidina. Nakon vezanja slijedi korak ispiranja gdje se nevezane i neciljane sekvence ispiru. Vezani ciljevi se zatim umnožavaju pomoću lančane reakcije polimeraze (PCR), a zatim se sekvencioniraju pomoću tehnika Sanger sekvenciranja ili Sekvenciranja sljedeće generacije.
Slika 01: Sekvenciranje egzoma
Metoda koja se temelji na nizu također je slična metodi koja se temelji na rješenju, osim što se fragmenti DNK hvataju u mikro niz, a zatim slijede koraci vezanja i pranja prije sekvenciranja.
Exome sekvenciranje koristi se u mnogim primjenama kao što je genetska dijagnoza bolesti, u genskoj terapiji, u identificiranju novih genetskih markera, u poljoprivredi za identificiranje raznih korisnih agronomskih svojstava i u postupcima oplemenjivanja biljaka.
Što je RNA sekvenciranje?
RNK sekvenciranje temelji se na transkriptomu, koji je potpuni transkript stanice. Ključni ciljevi RNA sekvenciranja su katalogizirati sve vrste transkripta, uključujući mRNA, nekodirajuću RNA i malu RNA, kako bi se odredila transkripcijska struktura gena i kvantificirala razina ekspresije svakog prijepisa tijekom razvoja. Tijekom sekvenciranja RNA, hibridizacijske tehnologije (koje su komplementarne DNA izvedene iz zrelih sekvenci mRNA) u početku su korištene za sekvenciranje. Trenutno se koristi točnija i naprednija propusna tehnika za sekvenciranje RNA.
Slika 02: Sekvenciranje RNA
U RNA sekvencioniranju, uzorak RNA koji može biti ukupna RNA ili frakcionirana RNA pretvara se u svoju komplementarnu DNA (cDNA) korištenjem obrnute transkripcije, te se priprema cDNA biblioteka. Svaki fragment cDNA pričvršćen je na adaptere s obje strane (sekvenciranje na kraju para) ili s jedne strane (sekvenciranje s jednim krajem). Ove označene sekvence sekvencirane su korištenjem Sanger sekvenciranja ili sljedeće generacije, poput sekvenciranja egzoma.
Koje su sličnosti između Exomea i RNA sekvenciranja?
- Kratki odabrani fragmenti ili cijeli set DNA / RNA mogu se koristiti za Exome ili RNA sekvenciranje.
- Sekvencirani fragmenti čuvaju se u bibliotekama.
- Može se koristiti Sanger sekvenciranje ili Sljedeća generacija sekvenciranje.
- Obje su in vitro metode sekvenciranja.
- Sekvencirani fragmenti mogu se odrediti pomoću fluorescentnih oznaka.
Koja je razlika između Exome i RNA sekvenciranja?
Exome protiv RNA sekvenciranja |
|
| Exome sekvenciranje je sekvenciranje kompletnog skupa egzona ili kodirajućih DNK regija prisutnih u organizmu. | RNA sekvenciranje odnosi se na postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA); transkriptom. |
| Početni uzorak | |
| Genomska DNK je početni uzorak sekvenciranja egzoma. | RNA je početni uzorak sekvenciranja RNA. |
| Kompozicija | |
| Ovo sadrži samo kodirajuće regije ukupne DNK poznate kao egzoni | Ovo sadrži RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sekvenciranje | |
| Postoje dvije glavne metode sekvenciranja egzoma; tehnologije temeljene na rješenjima i nizovima. | RNK sekvenciranje se vrši pripremom cDNA biblioteke ekstrakcijom ukupne RNK ili fragmentirane RNK. |
Sažetak – Exome vs RNA sekvenciranje
Exome je kompletan skup kodirajućih regija organizma, a tehnike uključene u određivanje točnog redoslijeda nukleotida Exomea poznate su kao sekvenciranje egzoma. Sekvenciranje RNA je tehnika uključena u određivanje redoslijeda nukleotida RNA organizma. Ovo je razlika između exome i RNA sekvenciranja.
Preuzmite PDF verziju Exome vs RNA sekvenciranja
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za izvanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. Ovdje preuzmite PDF verziju Razlika između Exome i RNA sekvenciranja
