Ključna razlika između BLAST-a i FastA je u tome što je BLAST osnovni alat za usklađivanje dostupan na web stranici Nacionalnog centra za biotehnološke informacije, dok je FastA alat za pretraživanje sličnosti dostupan na web stranici Europskog instituta za bioinformatiku.
BLAST i FastA su dva softvera koja se široko koriste za usporedbu bioloških sekvenci DNK, aminokiselina, proteina i nukleotida različitih vrsta i traženje njihovih sličnosti. Ovi algoritmi su napisani imajući na umu brzinu. Jer, kada su znanstvenici sredinom 1980-ih uspjeli izolirati DNK u laboratoriju, pojavila se potreba za usporedbom i pronalaženjem identičnih gena za daljnja istraživanja velikom brzinom. Stoga su ova dva softvera razvijena na način da korisnik može brzo pretraživati slične sekvence s onom svojih sekvenci upita.
BLAST je akronim za Basic Local Alignment Search Tool i koristi lokalizirani pristup u usporedbi dviju sekvenci. FastA je softver koji se odnosi na Fast A gdje A označava Sve. Ovdje softver radi s abecedama poput Fast A za sekvenciranje DNK i Fast P za proteine. I BLAST i FastA vrlo su brzi u usporedbi bilo koje baze podataka genoma i stoga su vrlo isplativi u novčanom smislu kao iu uštedi vremena.
Što je BLAST?
BLAST je jedan od najčešće korištenih bioinformatičkih softvera koji je razvijen 1990. Od tada je dostupan svima na NCBI stranici. Nadalje, bilo koja osoba može pristupiti ovom softveru i koristiti ga. Štoviše, BLAST je softver koji treba ulazne podatke ili nizove u FastA formatu. Ali daje izlazne podatke u obliku običnog teksta, HTML ili XML. BLAST radi na principu traženja lokaliziranih sličnosti između dvije sekvence i užeg popisa sličnih sekvenci, a nakon toga traži sličnosti u susjedstvu.
Slika 01: BLAST rezultati
Dakle, ovaj softver pretražuje velik broj sličnih lokalnih regija i daje rezultat pri dostizanju granične vrijednosti. Međutim, ovaj se postupak razlikuje od ranijeg softvera, koji prvo pretražuje cijeli niz, a zatim vrši usporedbu, pa je stoga oduzimao puno vremena.
Osim gore navedene provjere sličnosti, BLAST ima mnoge druge namjene kao što je mapiranje DNK, usporedba dva identična gena u različitim vrstama, stvaranje filogenetskog stabla, itd.
Što je FastA?
FastA je softver za usklađivanje sekvenci proteina. David J. Lipman i William R. Pearson opisali su ovaj softver 1985. godine. Iako je početna upotreba ovog softvera bila samo za usporedbu sekvenci proteina, njegova modificirana verzija također je mogla usporediti sekvence DNK. Ovdje ovaj softver koristi načelo statističkog pronalaženja sličnosti između dva niza. Usklađuje jednu sekvencu DNK ili proteina s drugom sekvencom lokalnom metodom poravnanja sekvenci.
Slika 02: FastA
Međutim, traži lokalne regije radi sličnosti, ali ne i najboljeg podudaranja između dvije sekvence. Budući da ovaj softver povremeno uspoređuje lokalizirane sličnosti, može doći i do nepodudarnosti. U nizu, FastA zauzima mali dio poznat kao k-torke, gdje tuple može biti od 1 do 6 i podudara se s k-torkama drugog niza. Na kraju procesa uparivanja, kada dosegne vrijednost praga, daje rezultat.
Koje su sličnosti između BLAST-a i FastA?
- BLAST i FastA su bioinformatički alati koji se koriste za usporedbu sekvenci proteina i DNK radi sličnosti.
- Također, oba programa koriste strategiju bodovanja za usporedbu sekvenci.
- Nadalje, oba alata daju vrlo precizne rezultate.
Koja je razlika između BLAST-a i FastA?
BLAST je alat za provjeru sličnosti između bioloških sekvenci. S druge strane, FastA je još jedan program koji olakšava provjeru sličnosti sekvenci proteina i DNA. Međutim, u usporedbi s FastA, softver BLAST je vrlo popularan jer daje preciznije i brže rezultate. Dakle, ovo je razlika između BLAST-a i FastA. Nadalje, za razliku od FastA, program BLAST se može mijenjati prema potrebama korisnika. Stoga je ovo još jedna razlika između BLAST-a i FastA.
Donja infografika o razlici između BLAST-a i FastA pruža više detalja.
Sažetak – BLAST vs FastA
BLAST i FastA dva su programa koji korisniku omogućuju usporedbu svoje sekvence upita sa sekvencama u postojećim bazama podataka i provjeru sličnosti. Početna svrha FastA bila je usporedba samo sekvenci proteina. No, modificirana verzija ovog softvera olakšava usporedbu sekvenci proteina i DNK. Iako je FastA dobar softver, većina ljudi koristi alat za poravnanje BLAST budući da je popularniji i daje preciznije i brže rezultate od FastA. Također, alat BLAST se može mijenjati prema zahtjevima korisnika. Ukratko, ovo sažima razliku između BLAST-a i FastA.
