Ključna razlika između DNA i RNA sondi je u tome što su DNA sonde fragmenti DNA koji su komplementarni ciljnim nukleotidnim sekvencama, dok su RNA sonde dijelovi jednolančane RNA koji su komplementarni sekvenci nukleinskih kiselina ciljnih sekvenci.
Sonda je umjetno sintetizirana kratka sekvenca DNA ili RNA koja se može obilježiti radioaktivno ili neradioaktivnim molekulama. Može imati duljinu od 100 do 1000 baza. Probe su korisne u otkrivanju ciljnih nukleotidnih sekvenci koje su komplementarne sekvenci sonde. Jednom dodane, sonde se hibridiziraju s komplementarnim sekvencama ili ciljnim sekvencama i čine ih vidljivima za identifikaciju ciljnih sekvenci budući da nose radioaktivnost. Sonde su važni molekularni alati za mnoga mikrobna i molekularna područja kao što su detekcija genetskih bolesti, virologija, forenzička patologija, testiranje očinstva, DNK otisci prstiju, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija, itd.
Što su DNK sonde?
DNK sonde su jednolančani dijelovi DNK. Mogu se koristiti za otkrivanje prisutnosti komplementarnih sekvenci nukleinske kiseline (ciljne sekvence) hibridizacijom. Jednom kada se sonda DNA hibridizira sa svojom komplementarnom sekvencom, formira dvolančani hibrid. Kako bi ih se otkrilo, DNA sonde općenito se obilježavaju radioizotopima, biotinom, epitopima ili fluoroforima. DNK sonde obilježene biotinom mogu se otkriti alkalnom fosfatazom obilježenom streptavidinom brojnim enzimskim i kemijskim metodama.
Slika 01: DNK sonda
Nukleotidni slijed DNA sonde je poznat. To su kratki nizovi duljine od 100 do 1000 parova baza. Duge DNA sonde mogu se generirati tehnologijom rekombinantne DNA. Također se mogu generirati PCR-om i kloniranjem. U kliničkim mikrobiološkim laboratorijima, DNK sonde su lako dostupne za brzu dijagnozu zaraznih bolesti.
Što su RNA sonde?
RNA sonde su jednolančani dijelovi RNA. One su komplementarne sekvence ciljnim sekvencama u uzorku. Obično se sintetiziraju s RNA polimerazama iz bakteriofaga SP6, T7 ili T3 in vitro transkripcijom DNA. Duge RNA sonde mogu se generirati in vitro transkripcijom iz linearizirane plazmidne DNA. Općenito, RNA sonde vežu se snažno i čvršće za svoje komplementarne sekvence nego DNA sonde. Slično DNA sondama, RNA sonde se također mogu označiti dok se transkribiraju.
Koje su sličnosti između DNA i RNA sondi?
- I DNA i RNA sonde su jednolančane nukleotidne sekvence.
- Obje su umjetno dizajnirane i sintetizirane.
- Štoviše, mogu se označiti radioizotopima, epitopima, biotinom ili fluoroforima.
- Imaju snažan afinitet prema specifičnoj ciljnoj sekvenci DNA ili RNA.
- Koriste se u raznim tehnikama blottinga i in situ hibridizacije za detekciju ciljnih sekvenci nukleinskih kiselina.
- Obje vrste sondi mogu se hibridizirati sa svojim komplementarnim sekvencama.
- Također se koriste u identifikaciji mikroorganizama i dijagnostici zaraznih, nasljednih i drugih bolesti.
Koja je razlika između DNA i RNA sondi?
DNK sonda je kratki dio DNK koji je komplementaran ciljnoj sekvenci. S druge strane, RNA sonda je kratki jednolančani dio RNA komplementaran ciljnoj sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između DNA i RNA sondi. Nadalje, DNA sonde sadrže A, T, C i G dok RNA sonde sadrže A, U, C i G.
Štoviše, daljnja razlika između DNA i RNA sondi je njihova termodinamička stabilnost. RNA sonde pokazuju veću termodinamičku stabilnost u usporedbi s DNA sondama.
U nastavku infografika prikazuje važne razlike između DNA i RNA sondi.
Sažetak – DNA vs RNA sonde
Proba je mali fragment DNA ili RNA koji se koristi za otkrivanje prisutnosti specifične sekvence u uzorku DNA ili RNA molekularnom hibridizacijom. DNA sonde su kratki jednolančani DNA fragmenti dok su RNA sonde kratke jednolančane RNA sekvence. To su poznate sekvence. Termodinamička stabilnost veća je u RNK probama nego u DNK probama. RNK sonde se vežu čvrsto na svoje komplementarne sekvence nego DNK sonde. Dakle, ovo sažima razliku između DNA i RNA sondi.
