Ključna razlika između ITS1 i ITS2 je ta što je ITS1 razmaknica DNA smještena između 18S i 5.8S rRNA gena u eukariota, dok je ITS2 razmaknica DNA smještena između 5.8S i 28S rRNA gena u eukariota.
Unutarnji transkribirani razmaknica (ITS) je razmaknica DNA koja se obično nalazi između male podjedinice ribosomske RNA i velike podjedinice ribosomske RNA gena u kromosomu ili u odgovarajućoj transkribiranoj regiji u molekuli transkripta prekursora policistronske rRNA. U bakterijama i arhejama postoji samo jedan ITS između gena 16S i 23S rRNA. Ali kod eukariota postoje dva ITS razmakna DNA: ITS1 (između 18S i 5.8S rRNA geni) i ITS2 (između 5.8S i 28S rRNA). Prema tome, ITS1 i ITS2 su dvije razmaknice DNA koje se nalaze između gena rRNA u eukariota.
Što je ITS1?
ITS1 je razmaknica DNA smještena između 18S i 5.8S rRNA gena u eukariota. ITS se odnosi na dio nefunkcionalne razmaknice DNA smještene između rRNA gena. ITS1 ima veću varijaciju duljine nego ITS2. Varijacija duljine ITS1 je približno (200-300bp). ITS markeri kao što je ITS1 dokazali su svoju učinkovitost u razjašnjavanju filogenetskih odnosa između različitih taksona. Štoviše, DNK razmaknice ITS1 manje je očuvana od DNK razmaknice ITS2. ITS1 strukture sačuvane su samo u puno manjim taksonomskim jedinicama. Svaki eukariotski ribosomski klaster također sadrži regije koje se nazivaju vanjski transkribirani razmaknici (5' i 3' ETS).
Slika 01: ITS1 regija
ITS1 razmaknica DNK je vrlo blizu 5’vanjskom transkribiranom razmakniku (5’ ETS). Nadalje, ako netko želi pojačati regiju ITS1 za studije filogenetskih odnosa, mora koristiti specifičan par primera (obrnuti i prednji primeri) u tu svrhu. Za umnožavanje ITS1 regije, dva seta početnica obično se koriste u PCR protokolima laboratorija. Oni su ITS1 naprijed i ITS2 nazad ili ITS1 naprijed i ITS4 nazad.
Što je ITS2?
ITS2 je razmaknica DNA smještena između 5.8S i 28S rRNA gena u eukariota. Regija ITS2 ima kraću varijaciju duljine od regije ITS1. Varijacija duljine ITS2 je približno (180-240bp). Međutim, ITS2 regija je više očuvana od ITS1 regije u mnogim taksonomskim jedinicama. Identificira da sve ITS2 sekvence dijele zajedničku jezgru sekundarne strukture. Štoviše, 40% ITS2 regije je sačuvano među svim angiospermama, dok je moguće uskladiti 50% ITS2 regije preko obitelji i više razine.
Slika 02: ITS2 regija
Bez obzira na opseg očuvanja, korištenje regije ITS2 također je vrlo popularno, kao što je regija ITS1, u studijama filogenetskih odnosa, posebno u barkodiranju DNK gljivica. Za umnožavanje ITS2 regije, specifični skup početnica općenito se koristi u PCR protokolima laboratorija. To je ITS1 prema naprijed i ITS4 prema natrag. Ali kada PCR protokol koristi ovaj set početnica, on također pojačava regiju ITS1 zajedno s regijom ITS2. Nadalje, DNA razmaknice ITS2 vrlo je blizu 3'vanjskog transkribiranog razmaknice (3' ETS).
Sličnosti između ITS1 i ITS2
- ITS1 i ITS2 su dva razmaknička DNA smještena između rRNA gena.
- Prisutni su samo kod eukariota.
- Oboje se može pojačati korištenjem specifičnih parova početnica.
- Oboje se izrezuju u sazrijevanju rRNA kao nefunkcionalni nusprodukti.
- Oboje je vrlo važno za proučavanje filogenetskih odnosa, posebno kod barkodiranja DNK gljivica.
Razlika između ITS1 i ITS2
ITS1 je razmaknica DNA prisutna između 18S i 5.8S rRNA gena u eukariota dok je ITS2 razmaknica DNA smještena između 5.8S i 28S rRNA gena u eukariota. Dakle, ovo je ključna razlika između ITS1 i ITS2. Nadalje, ITS1 ima veću varijaciju duljine u usporedbi s ITS2. S druge strane, ITS2 ima kraću varijaciju duljine u usporedbi s ITS1. Ovo je još jedna razlika između ITS1 i ITS2.
Infografika ispod navodi razlike između ITS1 i ITS2 u obliku tablice za usporedbu.
Sažetak – ITS1 vs ITS2
Interna transkribirana regija (ITS) je nefunkcionalni dio razmaknice DNA smješten između rRNA gena. U bakterijama i arhejama postoji samo jedno ITS područje. Ali kod eukariota postoje dvije ITS regije: ITS1 i ITS2. ITS1 je spacer DNA koja se nalazi između 18S i 5.8S rRNA gena u eukariota, dok je ITS2 spacer DNA koja se nalazi između 5.8S i 28S rRNA gena u eukariota. Dakle, ovo je sažetak razlika između ITS1 i ITS2.
