Ključna razlika između sekvence Shine Dalgarno i Kozak je u tome što je sekvenca Shine Dalgarno ribosomsko vezno mjesto u bakterijskoj i arhealnoj messenger RNA, dok je Kozakova sekvenca mjesto inicijacije translacije proteina u većini eukariotskih messenger RNA.
Shine Dalgarno i Kozak sekvence dvije su konsenzusne sekvence koje su vrlo važne za inicijaciju prijevoda. U molekularnoj biologiji, translacija je proces kojim ribosomi u citoplazmi sintetiziraju proteine nakon procesa transkripcije. U prijevodu, mRNA (glasnička RNA) se dekodira u ribosomu da proizvede specifičan lanac aminokiselina izvan jezgre. Tipično, ribosom inducira proces dekodiranja olakšavajući vezanje komplementarnih sekvenci antikodona tRNA na kodone mRNA. Prijevod se odvija u tri faze: inicijacija, produljenje i završetak.
Što je Shine Dalgarno Sequence?
Shine Dalgarno sekvenca je ribosomsko vezno mjesto u bakterijskoj i arhealnoj messenger RNA. Obično se nalazi oko 8 baza uzvodno od početnog kodona AUG. Ovaj RNA slijed pomaže u regrutiranju ribosoma u glasničku RNA poravnavanjem ribosoma s početnim kodonom mRNA. Dakle, pokreće sintezu proteina. Jednom nakon regrutiranja, tRNA može dodati aminokiseline u slijedu kako to diktiraju kodoni mRNA. Ova posebna sekvenca je uobičajena kod bakterija, ali rjeđa kod arheja. Štoviše, prisutan je i u transkriptima kloroplasta i mitohondrija. Slijed Shine Dalgarno prvi su predložili australski znanstvenici John Shine i Lynn Dalgarno. Konsenzusni niz od šest baza je AGGAGG. Na primjer, kod Escherichie coli sekvenca je AGGAGGU.
Slika 01: Shine Dalgarno sekvenca
Odabir mjesta inicijacije (AUG) ovisi o interakciji između 30S podjedinice ribosoma i mRNA uzorka. Područje bogato pirimidinom na 16srRNA komponenti 30S podjedinice veže se za područje bogato purinom poznato kao Shine Dalgarno sekvenca uzvodno od AUG inicijacijskog kodona u mRNA. Nadalje, tijekom formiranja inicijacijskog kompleksa, ove komplementarne nukleotidne sekvence sparuju se da tvore dvolančanu strukturu RNA. Ovo olakšava vezanje mRNA na ribosom na takav način da se inicijacijski kodon nalazi na P mjestu ribosoma.
Što je Kozak sekvenca?
Kozak sekvenca je mjesto inicijacije translacije proteina u većini eukariotskih mRNA. Ovaj niz se također naziva Kozakov konsenzusni niz. Kozakova sekvenca je optimalna sekvenca za pokretanje translacije u eukariota. Ovaj slijed je integralni aspekt regulacije proteina. Također je vrlo važan za cjelokupno zdravlje stanica. Pomaže ispraviti prijevod proteina iz genetskih poruka posredovanjem u sastavljanju ribosoma i inicijaciji prijevoda.
Slika 02: Kozak niz
Ovaj niz je dobio ime po znanstvenici koja ga je otkrila, Marilyn Kozak. Otkrila ga je detaljnom analizom genomskih sekvenci DNK. Kozakov niz je 5’ (gcc) gccRccAUGG-3’. Velika slova označavaju očuvane baze, dok mala slova označavaju uobičajene varijabilne baze. R označava purin (adenin ili gvanin) koji se uvijek nalazi na ovom mjestu.
Koje su sličnosti između Shine Dalgarno i Kozak Sequence?
- Shine Dalgarno i Kozak niz dvije su konsenzusne sekvence koje su vrlo važne u inicijaciji prijevoda.
- Oboje su RNA sekvence.
- Manja podjedinica ribosoma veže se na obje sekvence.
- Obje sekvence posreduju u ispravnom sklapanju ribosoma i inicijaciji translacije.
- Oni su sastavni aspekti regulacije proteina i ukupnog zdravlja stanice.
Koja je razlika između Shine Dalgarno i Kozak Sequence?
Shine Dalgarno sekvenca je ribosomsko vezno mjesto koje se nalazi u bakterijskoj i arhealnoj messenger RNA, dok je Kozakova sekvenca mjesto inicijacije translacije proteina koje se nalazi u većini eukariotskih messenger RNA. Dakle, ovo je ključna razlika između Shine Dalgarno i Kozak sekvence. Nadalje, sekvenca Shine Dalgarno je 5’AGGAGGU3’ dok je sekvenca Kozak 5’ (gcc) gccRccAUGG-3’.
Sljedeća infografika navodi razlike između Shine Dalgarno i Kozak niza u tabličnom obliku za usporedbu.
Sažetak – sekvenca Shine Dalgarno protiv Kozaka
Shine Dalgarno i Kozak sekvence dvije su konsenzusne sekvence RNA koje su vrlo važne za sastavljanje ribosoma i inicijaciju translacije. Shine Dalgarno sekvenca je ribosomsko vezno mjesto u bakterijskoj i arhealnoj glasničkoj RNK, dok je Kozakova sekvenca mjesto inicijacije translacije proteina u većini eukariotskih glasničkih RNK. Dakle, ovo sažima razliku između slijeda Shine Dalgarno i Kozak.
