Ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona je u tome što su LTR retrotranspozoni vrsta retrotranspozona koji imaju duga terminalna ponavljanja u svojoj strukturi, dok su ne-LTR retrotranspozoni vrsta retrotranspozona koji nemaju duga terminalna ponavljanja u njihovoj strukturi.
Retrotranspozoni (transpozibilni elementi klase I ili transpozoni putem RNA intermedijera) vrsta su genetske komponente koja se može kopirati i zalijepiti na različite genomske lokacije. Oni to izvode pretvorbom RNK natrag u DNK kroz proces koji se naziva obrnuta transkripcija koristeći intermedijer transpozicije RNK. Postoje dvije glavne vrste retrotranspozona kao LTR i ne-LTR retrotranspozoni
Što su LTR retrotranspozoni?
LTR retrotranspozoni su vrsta retrotranspozona koji u svojoj strukturi imaju duga završna ponavljanja. Dugi nizovi repetitivne DNK mogu se naći na svakom kraju LTR retrotranspozona. Oni su poznati kao duga terminalna ponavljanja (LTR). Svaki LTR dugačak je nekoliko stotina parova baza. LTR retrotranspozoni obično su duži od 5 kilobaza. Štoviše, između dugih terminalnih ponavljanja, postoje geni koji se mogu transkribirati ekvivalentno retrovirusnim genima gag i pol. Ovi se geni preklapaju tako da kodiraju proteazu koja normalno obrađuje dobiveni prijepis u funkcionalne genske produkte.
Slika 01: LTR retrotranspozoni
Gag gen retrotranspozona stvara proizvod koji se povezuje s transkriptima drugih retrotranspozona u čestice nalik virusu. Pol gen proizvodi proizvode koji uključuju enzime kao što su H domene reverzne transkriptaze, integraze i ribonukleaze. Enzim reverzne transkriptaze provodi reverznu transkripciju DNK retrotranspozona. Enzim integraza integrira DNA retrotranspozona u DNA eukariotskog genoma. Domene ribonukleaze H korisne su u cijepanju fosfodiesterskih veza između RNA intermedijera. LTR retrotranspozoni također kodiraju transkripte s tRNA veznim mjestima tako da se vrlo lako mogu podvrgnuti reverznoj transkripciji. Nadalje, budući da retrotranspozon sadrži informacije o eukariotskom genomu, on može umetnuti svoje kopije na druga genomska mjesta unutar eukariotske stanice.
Što su retrotranspozoni koji nisu LTR?
Non-LTR retrotranspozoni su vrsta retrotranspozona koji nemaju duga završna ponavljanja u svojoj strukturi. Poput LTR retrotranspozona, ne-LTR retrotranspozoni također sadrže gene za reverznu transkriptazu, RNK vezni protein, nukleazu i ponekad ribonukleazu H domena. Ali nedostaju im duga završna ponavljanja; umjesto toga, imaju kratka ponavljanja koja mogu imati obrnuti redoslijed baza jedna do druge. Proteini koji vežu RNA vežu se na intermedijer transpozicije RNA, a nukleaze razbijaju fosfodiesterske veze između nukleotida u nukleinskim kiselinama.
Slika 02: LTR i ne-LTR retrotranspozoni
Iako su retrotranspozoni, ne mogu izvršiti obrnutu transkripciju koristeći RNA intermedijer na isti način kao LTR retrotranspozoni. To je zato što ne-LTR retrotranspozoni ne sadrže sekvence koje vežu tRNA. Dakle, ne-LTR retrotranspozon prepisan u mRNA i preveden u proteine djeluje kao reverzna transkriptaza. Reverzna transkriptaza stvara DNK kopiju RNK ne-LTR retrotranspozona koja se može integrirati u genom na novom mjestu. Nadalje, ne-LTR retrotranspozoni se dijele na dvije vrste: LINE (dugi isprepleteni nuklearni elementi) i SINE (kratki isprepleteni nuklearni elementi).
Koje su sličnosti između LTR i ne-LTR retrotranspozona?
- LTR i ne-LTR retrotranspozoni dvije su glavne vrste retrotranspozona.
- Obje vrste sadrže gene za enzime kao što su reverzna transkriptaza, RNA vezni protein, nukleaza i ribonukleaza H domene.
- Mogu se pronaći u ljudskom genomu.
- Obje vrste su evolucijski važne.
Koja je razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona?
LTR retrotranspozoni imaju dugačka terminalna ponavljanja u svojoj strukturi, dok ne-LTR retrotranspozoni nemaju duga terminalna ponavljanja u svojoj strukturi. Dakle, ovo je ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona. Nadalje, LTR retrotranspozoni imaju duga izravna ponavljanja koja su samo jedna sekvenca baza koje se ponavljaju. S druge strane, ne-LTR retrotranspozoni imaju kratka ponavljanja koja mogu imati obrnuti redoslijed baza jedna do druge.
Infografika u nastavku predstavlja razlike između LTR i ne-LTR retrotranspozona u obliku tablice za usporedbu.
Sažetak – LTR u odnosu na ne-LTR retrotranspozone
LTR i ne-LTR retrotranspozoni dvije su glavne vrste retrotranspozona. LTR retrotranspozoni u svojoj strukturi imaju duga terminalna ponavljanja, dok ne-LTR retrotranspozoni nemaju duga terminalna ponavljanja u svojoj strukturi. Dakle, ovo je ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona.
