Ključna razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma je u tome što profiliranje polisoma analizira ponašanje ribosoma koristeći i ribosom i mRNA (polisom) tijekom translacije, dok profiliranje ribosoma analizira ponašanje ribosoma samo korištenjem sekvence mRNA tijekom translacije.
Translacija je druga faza sinteze proteina koja pretvara informacije u mRNA u sekvencu aminokiselina. Translatomika je studija ORF-ova (otvorenih okvira čitanja) koji se aktivno prevode u stanici organizma. Tehnike profiliranja polisoma i ribosoma dvije su vrste tehnika u polju molekularne biologije za procjenu i zaključivanje različitih parametara u kontekstu analize translatoma.
Što je profiliranje polisoma?
Profiliranje polisoma je tehnika koja zaključuje o statusu translacije specifične mRNA analizom ponašanja i ribosoma i mRNA (polisoma). Drugim riječima, ova tehnika daje podatke i zaključke o povezanosti mRNA s ribosomima. Polisom se odnosi na skupinu ribosoma vezanih za mRNA koja je prisutna tijekom faze elongacije translacije.
Slika 01: Profiliranje polisoma
Profiliranje polisoma zahtijeva stanični lizat, koji se zatim centrifugira. Centrifugirani uzorak se zatim odvaja na temelju njihove gustoće kako bi se karakterizirale male i velike podjedinice ribosoma i odgovarajuća mRNA uključena u formiranje polisoma. Nadalje, postupak uključuje i mjerenje optičke gustoće. Stručnjaci su potrebni za izvođenje polisomskog profiliranja.
Tehnika profiliranja polisoma važan je alat za mnoge primjene. Znanstvenici koriste ovu tehniku za proučavanje stupnja translacije u stanicama. Točnije, to je alat za pružanje točnih informacija o proučavanju pojedinačnih proteina i njihovih specifičnih mRNA. U kontekstu proučavanja stupnja translacije određene mRNA, tehnika profiliranja polisoma je vitalna. Ovdje se 3' i 5' sekvence mRNA mogu istražiti u odnosu na njihove učinke na količinu proizvedene mRNA i razinu translacije.
Što je profiliranje ribosoma?
Profiliranje ribosoma je tehnika koja analizira ponašanje ribosoma s obzirom na njegovu mRNA tijekom translacije. Ovu tehniku su pronašle i razvile Joan Steitz i Marilyn Kozak. Kasnije su ovu tehnologiju dalje razvila dva znanstvenika, Nicholas i Jonathan, u kombinaciji sa sekvenciranjem sljedeće generacije, što je dovelo do razvoja različitih srodnih tehnika kao što je metodologija Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP).
Slika 02: Sekvenciranje ribosoma
Postupak profiliranja ribosoma uključuje izolaciju mRNA, uklanjanje RNA koja nije vezana za ribosome i odvajanje mRNA vezane za ribosome. Nakon ovog postupka, mRNA izolat se reverzno transkribira i odvija se sinteza cDNA. Konačno, podaci o sekvenci mogu se uskladiti s translacijskim profilom kako bi se zaključile karakteristike ponašanja ribosoma u odnosu na mRNA.
Profiliranje ribosoma pomaže mnogim istraživačima da identificiraju i zaključe lokaciju početnih mjesta translacije, komplement prevedenih otvorenih okvira čitanja (ORF) u stanici ili tkivu, distribuciju ribosoma na mRNA i brzinu prevođenje ribosoma. Profiliranje ribosoma također je poznato kao otisak ribosoma ili Ribo Seq.
Koje su sličnosti između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma?
- Profiliranje polisoma i ribosoma su molekularno biološke tehnike važne u istraživanju.
- Pružaju informacije o procesu prevođenja.
- Oba procesa profiliranja daju podatke analizom translatoma.
- Potrebni su profesionalni stručnjaci za izvođenje obje tehnike za točne rezultate.
- Bioinformatički alati igraju važnu ulogu u obje tehnike.
Koja je razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma?
Profiliranje polisoma analizira ponašanje ribosoma korištenjem i ribosoma i mRNA (polisoma) tijekom translacije, dok profiliranje ribosoma analizira ponašanje ribosoma samo pomoću sekvence mRNA tijekom translacije. Dakle, ovo je ključna razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma. Štoviše, profiliranje polisoma uključuje tehnike poput centrifugiranja s gradijentom gustoće i mjerenja optičke gustoće, dok profiliranje ribosoma uključuje ekstrakciju mRNA i tehnike sekvenciranja. Također, profiliranje ribosoma je preciznije od profiliranja polisoma.
Infografija u nastavku predstavlja razlike između profiliranja polisoma i ribosoma u obliku tablice za usporedbu.
Sažetak – profiliranje polisoma u odnosu na profiliranje ribosoma
Translacija je druga faza sinteze proteina koja uključuje pretvaranje informacija o sekvenci mRNA u sekvencu aminokiselina. Ovaj proces zahtijeva obrazac mRNA, ribosome, aminokiseline, tRNA i druge čimbenike. Profiliranje polisoma i ribosoma dvije su molekularne tehnike. Profiliranje polisoma analizira ponašanje ribosoma korištenjem i ribosoma i mRNA (polisoma) tijekom translacije, dok profiliranje ribosoma analizira ponašanje ribosoma samo korištenjem sekvence mRNA tijekom translacije. Profiliranje polisoma uključuje tehnike poput centrifugiranja s gradijentom gustoće i mjerenja optičke gustoće. Profiliranje ribosoma uključuje tehnike poput ekstrakcije mRNA, sinteze cDNA i sekvenciranja. Dakle, ovo sažima razliku između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma.
