Ključna razlika – YAC vs M13 Phage Vector
Kloniranje DNA važan je proces koji omogućuje razmnožavanje važnih fragmenata DNA organizama. Zahtijeva spajanje specifične DNA s vektorskom DNA kako bi se stvorila rekombinantna DNA koja se transformira u organizam domaćina. Vektor je molekula DNK koja se ponaša kao sredstvo za prijenos stranog genetskog materijala u drugu stanicu ili organizam. Trebao bi biti sposoban replicirati unutar organizma domaćina i proizvoditi više kopija rekombinantne DNA. Postoje različite vrste vektora koji se koriste u kloniranju DNK. Umjetni kromosom kvasca (YAC) i vektor faga M13 dvije su vrste među njima. Ključna razlika između YAC i M13 fag vektora je u tome što je YAC umjetni kromosom koji se replicira u stanicama kvasca, dok je M13 fag vektor jednolančani kružni DNA bakteriofaga M13 koji se replicira u stanicama E Coli.
Što je YAC vektor?
YAC je umjetno izgrađen kromosom koji ima sposobnost nositi veliki segment strane DNA i replicirati se unutar stanica kvasca. Ima centromeru, telomeru i autonomno replicirajuće sekvence neophodne za replikaciju i stabilnost. YAC bi također trebao nositi selektivni marker ili markere i restrikcijska mjesta kako bi bio učinkovit vektor za kloniranje. Velike sekvence u rasponu od 1000 kb do 2000 kb mogu se umetnuti u YAC i prenijeti u kvasac.
Slika 01: YAC vektor
Što je M13 Phage Vector?
Bakteriofag M13 je virus koji inficira i replicira se u E Coli. Genom bakteriofaga M13 je male veličine, oko 6,7 kb. To je jednolančana, kružna DNK pozitivnog osjetila. Ovaj virus specifično inficira bakterije E Coli putem F pilus. Nakon što uđe u ssDNA u bakteriju, sintetizira svoj komplementarni lanac i postaje dsDNA ili replikativni oblik (RF) M13. RF se može ponašati kao plazmid unutar organizma domaćina. DsDNA se replicira unutar E Coli i proizvodi ssDNA koja nosi nove fage. Ti se novi fagi kontinuirano oslobađaju iz E Coli bez ubijanja stanice domaćina. Međutim, infekcija usporava rast E Coli. dsDNA se može ekstrahirati iz bakterijskih stanica i koristiti kao vektori u kloniranju DNA. Poznati su kao M13 fag vektori. Njima se može lako manipulirati i koristiti slično plazmidnim vektorima.
Inherentna sposobnost infekcije ovih M13 faga služi kao dobra kvalifikacija za korištenje kao vektora u kloniranju gena. Kada se M13 razvija u vektor, nekoliko elemenata treba ugraditi u njegov genom. Oni su gen za lac represor (lac I) protein, operator-proksimalna regija lac Z gena, lac promotor i mjesto višestrukog kloniranja (polilinker). Kada se dsDNA M13 koristi kao vektori, može se tretirati kao plazmidni vektor. Međutim, upotreba ssDNA M13 ima prednosti u sekvenciranju DNA i mutagenezi usmjerenoj na mjesto.
Budući da vektor faga M13 ima višestruka mjesta kloniranja u lacZ regiji, rekombinirani vektori mogu se lako identificirati probirom plavo/bijelih kolonija na agar pločama koje sadrže IPTG i X-Gal. Plavi plakovi nastali na pločama ne sadrže rekombinirane fage. Stoga se fagi s umetcima mogu odabrati u svrhu kloniranja.
Slika 02: Bakteriofag M13
Koja je razlika između YAC i M13 Phage Vector?
YAC vs M13 Phage Vector |
|
| YAC je genetski modificiran kromosom koji ima sposobnost prenošenja velikog segmenta strane DNA i repliciranja unutar stanica kvasca. | M13 vektor faga je virusni vektor razvijen od strane bakteriofaga M13 koji se koristi za umetanje strane DNA u E Coli. |
| Svrha | |
| YACs su dizajnirani za kloniranje velikih fragmenata genomske DNA u kvasac. | Vektori faga M13 koriste se za umetanje strane DNA u E Coli. |
| Umetni duljinu | |
| YAC mogu sadržavati genomske umetke veličine megabaze (1000 kb – 2000 kb). | Veličina umetaka je oko 1500 bps. |
| Građevina | |
| YAC DNA je teško pročistiti netaknutu i zahtijeva visoku koncentraciju za generiranje YAC vektorskog sustava. | Nastaje putem cikličkog fotosintetskog lanca elektrona. |
| Stabilnost | |
| YAC je nestabilan. | M13 fagi se mogu lako ekstrahirati. |
| Veličina | |
| Enzimi su veće molekule. | M13 fagi su stabilniji od YAC. |
Sažetak – YAC vs M13 Phage Vector
YAC je umjetno konstruiran vektorski sustav koji koristi određenu regiju kromosoma kvasca za umetanje velikih segmenata genetskog materijala u stanice kvasca. Vektor faga M13 vektorski je sustav izveden iz bakteriofaga M 13 koji koristi E coli kao organizam domaćina. Ovo je glavna razlika između YAC i M13 Phage Vector. Oba su jednako korisna u tehnologiji rekombinantne DNK i kloniranju gena.
