Ključna razlika – Phusion naspram Taq polimeraze
DNA polimeraze naširoko su korišteni enzimi u tehnikama molekularne biologije i također su prirodno prisutne u svim organizmima koji prolaze kroz replikaciju DNA. Oni su ključni polimerizacijski enzimi koji sudjeluju tijekom replikacije. DNA polimeraza je sposobna dodati nukleotide na slobodni 3’ kraj lanca DNA uzrokujući produljenje novog lanca. Trenutno je, zbog razvoja molekularne biologije u dijagnostici bolesti i industrijskim primjenama, važno proizvesti polimeraze s različitim korisnim svojstvima. To povećava točnost metode i čini je bržom tehnikom. Phusion i Taq polimeraza dva su komercijalno proizvedena termostabilna polimerazna enzima koja se koriste u posebnim molekularnim primjenama. Phusion je DNA polimeraza izolirana iz Pyrococcus furiosus i uglavnom se koristi u eksperimentima kloniranja za povećanje vjernosti. Taq DNA polimeraza je standardna DNA polimeraza koja se koristi u lančanoj reakciji polimeraze (PCR), a izolirana je iz termostabilne bakterije; Thermus aquaticus. Ključna razlika između dva enzima je izvorni mikroorganizam. Phusion je izoliran iz ekstremofila, Pyrococcus furiosus, dok je Taq polimeraza izolirana iz termofila, Thermus aquaticus.
Što je Phusion?
Phusion DNA polimeraza je nova polimeraza koja se proizvodi izolacijom enzima iz Pyrococcus furiosus, koji je ekstremofilna arheja. Ovi mikrobi borave u uvjetima ekstremno visokih temperatura, što polimerazu čini vrlo toplinski stabilnom polimerazom. Phusion polimeraza koristi se za postizanje ekstremne vjernosti u usporedbi s konvencionalnom termostabilnom polimerazom; Taq polimeraza. Phusion polimeraza sposobna je umnožiti dugačke predloške do 7,5 kb genomske DNA. Optimalni kapacitet polimerizacije Phusion polimeraze je na 720 C. Phusion se također koristi u proizvodima za kloniranje za sekvenciranje, analizu ekspresije i analizu mutacije.
Phusion DNA polimeraza ima 3’ – 5’ egzonukleaznu aktivnost. To omogućuje lektoriranje novosintetiziranog niza nakon sinteze. Stoga se nepodudarnosti nukleotida lako mogu popraviti. Stoga ima manju stopu pogreške. Sveukupne prednosti Phusion polimeraze su;
- Extreme Fidelity
- Velika brzina i smanjeno vrijeme produženja
- Snažne reakcije i zahtijeva minimalnu optimizaciju
- Visoki prinos
Slika 01: Phusion
Glavni nedostatak Phusion polimeraze je to što je inhibirana u prisutnosti deoksiuridin trifosfata (dUTP). Kada se dUTP nakupi u reakcijskoj smjesi, može inhibirati djelovanje Phusion polimeraze. Ovo se sprječava tretiranjem reakcijske smjese s dUTPazom prije dodavanja enzima. Trenutno se umjesto Phusion polimeraze kao lijek za ovaj problem koristi dUTP otporna varijanta Phusion polimeraze poznata kao Pfu Turbo.
Što je Taq polimeraza?
Taq izum DNA polimeraze revolucionirao je polje molekularne biologije. Riješio je veliki problem u amplificiranju DNK. Taq DNA polimeraza je toplinski stabilni enzim polimeraza ekstrahiran i izoliran iz termofilne bakterije, Thermus aquaticus. Otkriće ovih enzima dovodi do razvoja PCR-a. Ovaj je enzim omogućio upotrebu lančane reakcije polimeraze u umnožavanju DNA umjesto uobičajenih napornih tehnika kloniranja. PCR se sada koristi u molekularnoj dijagnostici, poljoprivredi i industriji s mnogo novih varijacija dodanih tehnici.
Slika 02: Taq polimeraza
Taq DNA polimeraza funkcionira u optimalnom temperaturnom rasponu između 720C – 800C. Taq DNA polimeraza zahtijeva kofaktor; magnezij za njegovu funkciju. Taq polimeraza nema sposobnost korekture od 3' – 5', stoga je stopa pogreške Taq DNA polimeraze visoka u usporedbi s novijim tipovima DNA polimeraze kao što je Phusion polimeraza itd. No, popularnost Taq DNA polimeraze ostaje velika isto u cijelom svijetu znanosti zbog pogodnosti i fleksibilnosti enzima.
Koje su sličnosti između Phusion i Taq polimeraze?
- I Phusion i Taq polimerazni enzimi su polimerizirajući enzimi koji mogu dodati nukleotide na 3’ slobodni kraj DNK lanca.
- I Phusion i Taq polimeraze zahtijevaju sekvencu početnica za pokretanje polimerizacije.
- I Phusion i Taq polimeraze su toplinski stabilne.
- I Phusion i Taq polimeraze koriste se u PCR mehanizmima za pojačavanje DNK.
- Kada se polimeraza dodaje u reakcijsku smjesu, Phusion i Taq polimeraze dodaju se posljednje kako bi se osigurala učinkovitost enzima.
- I Phusion i Taq polimeraze komercijalno se sintetiziraju u eksperimentalne svrhe molekularne biologije.
- I Phusion i Taq polimeraze zahtijevaju kofaktor da dovrše svoju funkciju.
Koja je razlika između Phusion i Taq polimeraze?
Phusion protiv Taq polimeraze |
|
| Phusion je DNA polimeraza izolirana iz Pyrococcus furiosus i uglavnom se koristi u eksperimentima kloniranja za povećanje vjernosti. | Taq DNA polimeraza je standardna DNA polimeraza koja se koristi u lančanoj reakciji polimeraze (PCR), a izolirana je iz termostabilne bakterije, Thermus aquaticus. |
| Izvorni organizam | |
| Phusion se ekstrahira iz ekstremofilnih arheja – Pyrococcus furiosus. | Ova književna djela protežu se od razdoblja kolonizacije do razdoblja dekolonizacije. |
| Mogućnost korekture | |
| 3’ – 5’ mogućnost probnog čitanja prisutna je u Phusionu. | 3’ – 5’ sposobnost probnog čitanja je odsutna u Taq polimerazi. |
| Vjernost | |
| Phusion nudi visoku vjernost. | Taq polimeraza pokazuje nisku vjernost. |
| Pojačavanje | |
| Phusion je sposoban pojačati dugačke fragmente DNK. | Taq polimeraza je sposobna pojačati puno kraće fragmente DNA. |
| trovanje dUTP | |
| Akcija Phusiona je inhibirana akumulacijom odd. | Taq polimeraza nije inhibirana dUPT. |
Sažetak – Phusion vs Taq polimeraza
Phusion i Taq DNA polimeraze dvije su toplinski stabilne polimeraze koje se koriste u PCR tehnikama. Phusion je polimeraza izolirana iz ekstremofila, Pyrococcus furiosus, dok je Taq izoliran iz termostabilne bakterije Thermus aquaticus. Otkriće Taq DNA polimeraze dovodi do izuma PCR. Phusion ima mnoge prednosti u odnosu na Taq koje su Phusion učinile boljom opcijom u proizvodnji DNK visoke vjernosti. Međutim, Taq polimeraza se još uvijek koristi kao standardni enzim polimeraze u PCR. Ovo je razlika između Phusion i Taq polimeraze.
