Ključna razlika – gel za slaganje naspram gela za odvajanje
Pojmovi gel za slaganje i gel za odvajanje koriste se u objašnjenju tehnike SDS-PAGE. SDS-PAGE ili elektroforeza na natrijevom dodecil sulfatu i poliakrilamidnom gelu je laboratorijska tehnika koja se koristi za odvajanje proteinskih molekula na temelju njihove molekulske težine. Teorija iza tehnike je da proteini s različitim molekularnim težinama pokazuju različite stope migracije; molekule niske molekularne težine migriraju brže, dok molekule velike molekularne težine migriraju sporo. Medij za migraciju je gel. Postoje dvije vrste gelova koji se nazivaju gel za slaganje i gel za odvajanje. Ključna razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje je u tome što je pH gela za slaganje 6,8 dok je pH gela za odvajanje 8,8.
Što je Stacking Gel?
Stacking gel je niskokoncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh koncentriranijeg gela za razdvajanje (gel za odvajanje) u SDS-PAGE tehnici. Gel za slaganje koristi se za poboljšanje rezolucije elektroforeze. Razlučivost se povećava zbog razlike između koncentracija gela za slaganje i gela za razlaganje koje utječu na proteine u uzorku. Budući da je koncentracija poliakrilamida u gelu za slaganje niska, veličina pora je veća. Ovo također pomaže u povećanju razdvojenosti.
Gel za slaganje je rahli poliakrilamidni gel s velikim porama od oko 7% poliakrilamida. Ove pore ne djeluju kao značajna prepreka za velike proteinske molekule. Stoga ovaj gel malo utječe na pokretljivost tih proteina. Ovo čini odvajanje prema mobilnosti i veličini proteina njihovim koncentriranjem između dva gela.
Slika 01: SDS-PAGE akrilamidni gel
PH gela za slaganje je 6,8. Njegov pH je kiseliji od onog otapajućeg gela za 2 pH jedinice. Ovaj pH implicira nižu ionsku jakost, a time i veći električni otpor. Ovo izaziva pokretljivost proteina u odnosu na druge nabijene čestice prisutne u gelu.
Što je gel za odvajanje?
Gel za odvajanje ili gel za razdvajanje SDS-PAGE tehnike je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. Razdjelni gel sadrži veliku količinu poliakrilamida (10%). pH ovog gela održava se na pH=8,8, što je viša pH vrijednost od pH gela za slaganje.
Slika 02: Aparat za gel elektroforezu
Kada molekule proteina dođu do gela za razdvajanje, migracija tih molekula se usporava jer je gel za razdvajanje gel visoke koncentracije s malom veličinom pora koji može djelovati kao značajna prepreka za kretanje molekula proteina. Ovo usporavanje omogućuje drugim proteinima da polagano migriraju kako bi ih sustigli, što rezultira uskim, koncentriranim pojasom između dva gela.
Kakav je odnos između gela za slaganje i gela za odvajanje?
I vrste gela za slaganje i gela za odvajanje koriste se u istom aparatu
Koja je razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje?
Gel za slaganje naspram gela za odvajanje |
|
| Gel za slaganje je nisko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh koncentriranijeg gela za razdvajanje (gel za odvajanje) u SDS-PAGE tehnici. | Gel za odvajanje ili gel za razdvajanje SDS-PAGE tehnike je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. |
| Položaj | |
| Gel za slaganje stavlja se na gel za razdvajanje (odvajanje). | Gel za odvajanje stavlja se na dno posude koja se koristi za elektroforezu gela. |
| Koncentracija | |
| Koncentracija gela za slaganje je visoka. | Koncentracija gela za odvajanje je niska. |
| Sadržaj poliakrilamida | |
| Gel za slaganje sadrži oko 7% poliakrilamida. | Gel za odvajanje sadrži oko 10% poliakrilamida. |
| pH | |
| PH gela za slaganje je 6,8. | PH gela za odvajanje je 8,8. |
| Veličina pora | |
| U gelu za slaganje prisutne su velike pore. | U gelu za odvajanje prisutne su male pore. |
| Rezolucija | |
| Gel za slaganje daje bolju rezoluciju. | Gel za odvajanje daje lošu rezoluciju. |
Sažetak – Gel za slaganje naspram gela za odvajanje
Gel za slaganje i gel za odvajanje dvije su vrste poliakrilamidnih gelova koji se koriste za bolje odvajanje proteinskih molekula u danom uzorku. Razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje je u tome što je pH gela za slaganje 6,8 dok je pH gela za odvajanje 8,8.
