Ključna razlika između QTL-a i GWAS-a oslanja se na vrstu sekvenci korištenih u analizi. QTL koristi lokuse gena povezivanja za analizu fenotipskih svojstava povezanih s poligenskim nasljeđem, dok GWAS koristi sekvence cijelog genoma za analizu polimorfizama jednog nukleotida određenog stanja.
QTL karte i GWAS igraju važnu ulogu u genetskim analizama za različite osobine. Nadalje, važni su u analizi različitih bolesti nepoznate etiologije. Osim toga, sekvenciranje igra ključnu ulogu u obje tehnike. Ove tehnike se dalje mogu spojiti s drugim tehnikama visoke propusnosti za povećanu točnost i preciznost.
Što je QTL?
QTL je kratica za Quantitative Trait Locus. To je regija DNK povezana s fenotipskim svojstvom. Općenito, QTL uzrokuje poligenske učinke. Distribucija QTL-ova varira, a broj QTL-ova sugerira stupanj varijacije određene fenotipske osobine. Nadalje, oni obično kodiraju temeljna kontinuirana svojstva, a ne diskretna svojstva.
Nakon identifikacije QTL regija, važno je sekvencirati određeno QTL područje. Štoviše, kako bi istraživanja i istraživanja bila laka, sekvenciranje i pohranjivanje podataka o sekvencama uobičajenih QTL regija odvija se uz uključivanje bioinformatike. Ovu tehniku nazivamo QTL mapiranjem. Naknadno se gradi baza podataka sa sekvencama QTL regija.
Slika 01: QTL skeniranje
Nadalje, primjene QTL sekvenci uglavnom se oslanjaju na BLAST alat, gdje se može utvrditi sličnost sekvence. Važan je za određivanje odnosa među organizmima. Nadalje, važno je u određivanju složenosti određenog poligenog fenotipa. Također određuje evoluciju određene osobine.
Trenutno se QTL analiza kombinira s drugim tehnikama visoke propusnosti poput DNK mikronizova. Ovo je važno u analizi ekspresije fenotipa. Trenutno su znanstvenici jako zainteresirani za razvoj QTL baze podataka jer su QTL regije odgovorne za mnoge važne osobine različitih vrsta.
Što je GWAS?
GWAS je kratica za Genome Wide Association Study. Također se odnosi na studije povezanosti cijelog genoma. Te su studije uglavnom usmjerene na opservacijske studije. Analizira genetske varijante različitih pojedinaca koji se obično povezuju s određenom osobinom. Štoviše, cijeli genom je važan za GWAS analizu.
Slika 02: GWAS
GWAS je važan alat u analizi polimorfizama jednog nukleotida povezanih s različitim bolesnim stanjima. Ovo je također komparativna studija različitih polimorfizama jednog nukleotida u širokoj populaciji. Osim toga, uzorak istraživanja GWAS-a je vrlo visok; stoga također ima format presječne kohortne studije.
Nadalje, prva GWAS studija je provedena u vezi s infarktom miokarda i analizom gena povezanih s infarktom miokarda. Trenutno GWAS igra važnu ulogu u određivanju genetske pozadine složenih bolesti nepoznate etiologije.
Koje su sličnosti između QTL-a i GWAS-a?
- Oni se oslanjaju na podatke o DNK sekvencama za analizu.
- Obje su povezane s genetskom pozadinom raznih likova.
- Nadalje, potrebni su im bioinformatički alati za izvođenje i tumačenje rezultata.
- Rade se na velikim populacijama.
Koja je razlika između QTL i GWAS?
QTL analizira fenotipske osobine povezane s poligenskim nasljeđem koristeći povezane genske lokuse dok GWAS analizira polimorfizme jednog nukleotida određenog stanja koristeći sekvence cijelog genoma. Dakle, ovo je ključna razlika između QTL-a i GWAS-a. QTL mapiranje je relativno manje složena tehnika od GWAS jer zahtijeva sekvenciranje cijelog genoma.
Donja infografika sažima razliku između QTL-a i GWAS-a u obliku tablice.
Sažetak – QTL nasuprot GWAS
QTL mapiranje i GWAS igraju glavnu ulogu u određivanju genetske pozadine različitih fenotipskih svojstava. Oni također pomažu u analizi genetske pozadine različitih bolesti. QTL mapiranje mapira gene povezivanja odgovorne za kontinuirana svojstva, a također uključuje mapiranje gena poligenog nasljeđivanja. GWAS se, s druge strane, odvija analizom cijelog genoma na polimorfizme jednog nukleotida. Osim toga, to se događa u većoj populaciji. Dakle, ovo je sažetak razlika između QTL i GWAS.
