Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1 je ta što je Klenow fragment veliki dio DNA polimeraze 1 kojem nedostaje 5′ do 3′ egzonukleazna aktivnost, dok je DNA polimeraza enzim E. coli koji ima sva tri domene uključujući aktivnost egzonukleaze od 5' do 3'.
DNA polimeraza jedan je od ključnih enzima uključenih u replikaciju DNA u živim organizmima. Postoje različiti oblici enzima DNA polimeraze koji se nalaze u eukariotima i prokariotima na temelju veličine i oblika. DNA polimeraze 1, 2 i 3 nalaze se samo u prokariotskim organizmima i igraju različite uloge u replikaciji DNA. DNA polimeraza 1 ima tri domene s 5' do 3' polimerazom, 3' do 5' egzonukleaznom aktivnošću i 5' do 3' egzonukleaznom aktivnošću. Klenow fragment je proteolitički proizvod DNA polimeraze 1. Posjeduje 5 do 3' polimerazne i 3' do 5' egzonukleazne aktivnosti netaknute DNA polimeraze 1, ali mu nedostaje 5' do 3' egzonukleazna aktivnost.
Što je Klenow fragment?
Klenow fragment veliki je dio DNA polimeraze 1. Za razliku od DNA polimeraze 1, aktivnost 5' do 3' egzonukleaze nije vidljiva u Klenow fragmentu jer mu nedostaje 5' do 3' prednja egzonukleazna domena. Klenow fragmenti nastaju probavom DNA polimeraze 1 s proteazom zvanom subtilisin, koja je enzim za probavu proteina. U nekim primjenama, aktivnost egzonukleaze od 3' do 5' Klenow fragmenta postaje nepoželjna. Može se ukloniti uvođenjem mutacije u gen koji kodira Klenow fragment. Rezultirajući enzim koji ima samo 5' do 3' aktivnost polimeraze poznat je kao egzo-Klenow fragment. Morfološki ulomak Klenowa nalikuje ljudskoj desnoj ruci. Ima N-terminalnu 3'-5' domenu egzonukleaze i C-terminalnu domenu polimeraze odvojene s oko 30 A.
Slika 01: Klenow fragment i DNA polimeraza 1
Klenow fragment važan je alat u molekularno biološkim tehnikama. Fragmenti Klenowa imaju višestruku upotrebu. Iznimno su važni u kloniranju tupih krajeva kako bi se proizveli tupi fragmenti. Klenow fragmenti mogu ukloniti prepuste od 3′ ili ispuniti prepuste od 5′ kako bi se formirali tupi krajevi. Štoviše, Klenow fragmenti se koriste za sintezu dvolančane DNA iz pojedinačnih niti. Nadalje, koriste se za pripremu radioaktivno obilježenih sondi korištenjem aktivnosti DNA polimeraze ovisne o 5' do 3' DNA.
Što je DNA polimeraza 1?
DNA polimeraza 1 (Pol 1) je enzim koji se nalazi u prokariotima i potreban je za replikaciju bakterijske DNA. To je prva vrsta DNA polimeraze koju je otkrio Arthur Kornberg 1956. Pol 1 je najzastupljenija polimeraza u E. coli. Kodiran je genom polA i sastoji se od 928 aminokiselina. Sastoji se od tri domene. Sve tri domene ispunjavaju različite funkcije. Dvije domene provode 5' do 3' egzonukleaznu aktivnost i 3' do 5' egzonukleaznu aktivnost. Zbog ove aktivnosti koju posjeduje Pol 1, popularan je kao enzim za popravak DNK, a ne kao enzim za replikaciju DNK. Treća domena ima sposobnost katalizirati višestruke polimerizacije (5' do 3') prije otpuštanja predloška DNA i povezivanja Okazakijevih fragmenata zajedno ispunjavanjem nove DNA i uklanjanjem RNA početnica.
Slika 02: DNK polimeraza
Pol 1 izoliran iz E Coli intenzivno se koristio u molekularnim primjenama. Međutim, nakon što je otkrivena Taq polimeraza, zamijenila je E Coli Pol 1 u PCR tehnologiji. Taq polimeraza je vrsta termostabilne DNA polimeraze koja pripada Pol 1.
Koje su sličnosti između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1?
- Klenow fragment je veliki dio DNA polimeraze 1.
- Imaju aktivnost DNA polimeraze ovisnu o DNA od 5' do 3' i aktivnost egzonukleaze od 3' do 5' koje posreduju u lekturi.
- Koriste se za više namjena.
Koja je razlika između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1?
Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1 je u tome što Klenow fragment nema aktivnost egzonukleaze od 5' do 3', dok DNA polimeraza 1 ima aktivnost egzonukleaze od 5' do 3'. Dakle, Klenow fragment ima dvije domene, dok DNA polimeraza 1 ima sve tri domene.
Donja infografika prikazuje više detalja o razlici između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1.
Sažetak – Klenow fragment protiv DNA polimeraze 1
DNA polimeraza 1 je enzim E. coli koji ima tri domene kao 5' do 3' domenu polimerizacije, 3' do 5' domenu egzonukleaze i 5' do 3' domenu egzonukleaze. Klenow fragment je veliki dio DNA polimeraze. Nedostaje mu jedna domena DNA polimeraze 1, a to je 5' do 3' egzonukleazna domena. Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNA polimeraze 1 je u tome što Klenow fragmenti nemaju 5' do 3' domenu egzonukleaze dok DNA polimeraza 1 ima 5' do 3' domenu egzonukleaze.
