Ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja s jastukom saharoze je u tome što se u ultracentrifugiranju s gradijentom saharoze koristi kontinuirani gradijent saharoze, dok se u ultracentrifugiranju s jastukom koristi diskontinuirani gradijent saharoze.
Gradijent saharoze i ultracentrifugiranje sa sukrozom dvije su slične vrste tehnika koje se koriste za odvajanje specifičnih vrsta makromolekula. U objema tehnikama koristi se gradijent gustoće saharoze. Ali u ultracentrifugiranju s gradijentom saharoze koristi se kontinuirani gradijent gustoće, dok se u ultracentrifugiranju s jastučićem saharoze koristi diskontinuirani gradijent gustoće.
Što je ultracentrifugiranje gradijentom saharoze?
Ultracentrifugiranje gradijenta saharoze je tehnika koja se može koristiti za frakcioniranje makromolekula kao što su DNA, RNA i proteini. Postoji nekoliko koraka u ovoj tehnici. To su priprema gradijenta saharoze, centrifugiranje, odvajanje i eluiranje. Priprema gradijenta je ključni korak u ovoj tehnici. U ovoj tehnici, uzorak koji sadrži makromolekule različite veličine nanosi se na površinu stupca gradijenta saharoze. Prilikom centrifugiranja, različite veličine makromolekula talože se kroz stupac gradijenta saharoze različitim brzinama. Sedimentacija ovisi o nekoliko čimbenika, uključujući silu centrifugiranja, veličinu oblika i gustoću makromolekula, gustoću i viskoznost gradijenta. Na kraju centrifugiranja makromolekule se prostorno odvajaju po gustoći. Veće makromolekule (makromolekule visoke gustoće) talože se prema dnu. Svjetlije (makromolekule niske gustoće) ostaju na vrhu gradijenta. Stoga se molekule odvajaju kao različite trake. Zatim treba razdvojiti trake i izvršiti pročišćavanje određene makromolekule od saharoze.
Slika 01: Ultracentrifugiranje gradijenta saharoze
Na strani primjene, ova se metoda intenzivno koristi za frakcioniranje molekula DNA. Ultracentrifugiranje gradijenta saharoze obično se koristi za karakterizaciju veličine i sastava kompleksa proteina. Štoviše, ova se tehnika koristi za djelomično pročišćavanje mRNA.
Što je ultracentrifugiranje sa sukroznim jastukom?
Ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom još je jedna tehnika koja omogućuje frakcioniranje makromolekula. Za razliku od ultracentrifugiranja s gradijentom gustoće saharoze, ultracentrifugiranje s jastukom sa saharozom koristi diskontinuirani gradijent gustoće. Koncentracija saharoze raste odozgo prema dolje u diskretnim koracima. U ovoj tehnici, odvajanje se postiže stavljanjem pročišćenog ekstrakta na vrh malog volumena otopine saharoze u epruveti za centrifugiranje, takozvani saharozni jastuk. To omogućuje bolje odvajanje u centrifugiranju velikom brzinom. Kada se molekule odvoje kao traka između jastuka saharoze, bijela traka se može sakupiti i pročistiti. Štoviše, nečistoće se mogu dalje ukloniti pomoću metode saharoznog jastuka. Metoda saharoznog jastuka omogućuje da se 60-70% epruvete ispuni uzorkom. Stoga metoda saharoznog jastuka omogućuje obradu veće količine uzorka.
Koje su sličnosti između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa sukroznim jastukom?
- Gradijent saharoze i ultracentrifugiranje sa sukrozom dvije su tehnike koje se koriste za odvajanje smjese makromolekula.
- U obje metode koristi se gradijent saharoze.
- Centrifugiranje je korak u obje metode.
- Molekule se talože kao pojas ili zona u svakoj metodi.
Koja je razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa sukroznim jastukom?
Ultracentrifugiranje s gradijentom saharoze tehnika je koja koristi kontinuirani gradijent saharoze u epruveti za centrifugu, dok je ultracentrifugiranje s jastukom sa saharozom tehnika koja koristi diskontinuirani gradijent saharoze. Dakle, ovo je ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom.
Štoviše, ultracentrifugiranje s jastučićem saharoze omogućuje obradu većeg volumena uzorka dok ultracentrifugiranje s gradijentom saharoze omogućuje obradu relativno malog volumena uzorka.
U nastavku infografika prikazuje više razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom.
Sažetak – Gradijent saharoze u odnosu na ultracentrifugiranje sa jastukom saharoze
Ultracentrifugiranje s gradijentom saharoze odvaja makromolekule pomoću kontinuiranog gradijenta saharoze. Nasuprot tome, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom koristi diskontinuirani gradijent saharoze kako bi se odvojila određena vrsta čestica u smjesi. Dakle, ovo je ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom. Metoda saharoznog jastuka omogućuje prikupljanje morfološki netaknutih čestica budući da ne uzrokuje mehanički stres, za razliku od ultracentrifugiranja s gradijentom saharoze, koje drobi molekule na dno epruvete. Štoviše, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom omogućuje obradu većeg volumena uzorka od ultracentrifugiranja s gradijentom saharoze.
