Ključna razlika između bojenja Coomassie i srebrom je u tome što je bojenje coomassie tehnika bojenja proteina koja koristi briljantnu plavu boju coomassie, dok je bojenje komadićima tehnika bojenja proteina koja koristi bojenje srebrom.
Razdvajanje i identifikacija proteina ključni su koraci u analizi proteoma. Potrebna im je karakterizacija proteina visoke rezolucije nakon elektroforeze u gelu. Postoje brojne tehnike bojenja koje uključuju različite boje kao što su anionske boje (coomassie brilliant blue), metalni kationi (imidazol-cink), bojenje srebrom i fluorescentne boje, itd. Ponekad se mogu koristiti i radioaktivne sonde. Odabir tehnike bojenja ovisi o jednostavnosti, dostupnosti opreme za snimanje u laboratoriju itd.
Što je Coomassie bojenje?
Coomassie bojenje je tehnika bojenja proteina koja koristi coomassie briljantno plavu mrlju. Općenito se naziva coomassie blue tehnika. Coomassie brilliant blue najpopularnija je anionska proteinska boja. Ovo bojenje obično boji gotovo sve proteine s dobrom kvantitativnom linearnošću pri srednjoj osjetljivosti. Coomassie brilliant blue boja se nespecifično veže za gotovo sve proteine. Postoje dvije različite varijante coomassie briljantno plave boje: R-250 i G-250. R-250 nudi kraća vremena bojenja, dok je G-250 dostupan u osjetljivijim i ekološki prihvatljivijim formulacijama.
Slika 01: Coomassie bojenje
Coomassie boje vrlo su popularne u studijama masene spektrometrije i studijama identifikacije proteina. Štoviše, biosigurna coomassie boja je bezopasna formulacija coomassie blue G-250 koja je trenutno dostupna na tržištu. Prednost ove formulacije je što zahtijeva samo vodu za ispiranje i odstranjivanje boje. Biosigurna coomassie boja nudi osjetljivost jednaku konvencionalnoj coomassie plavoj G-250, ali bolju od coomassie boje R-250. Nadalje, ima jednostavniji i brži protokol bojenja od konvencionalnog Coomassie blue G-250. Nedostatak bojanja coomassie plavim je što je manje osjetljivo u usporedbi s bojenjem srebrom. Bojanje Coomassie plavim je otprilike 50 puta manje osjetljivo od bojenja srebrom. Međutim, zbog svoje jednostavnosti uvezivanja, preferira se u mnogim studijama.
Što je bojenje srebrom?
Bojanje srebrom je tehnika bojenja proteina koja koristi bojenje srebrom. Bojanje srebrom koristi se za bojenje i agaroznih i poliakrilamidnih gelova. Srebrno bojenje proteina u agaroznim gelovima prvi su razvili 1973. Kerenyi i Gallyas. Kasnije je prilagođen za proteine u poliakrilamidnim gelovima koji se koriste u SDS-PAGE. Trenutno se bojenje srebrom također koristi za bojenje DNA ili RNA. Kako bi se obojili gelovi, u ovoj se metodi gelovi inkubiraju s otopinom srebrnog nitrata. Bojanje srebrom boji mjesta na kojima su prisutni proteini od smeđe do crne.
Slika 02: Srebrno bojenje
Intenzitet bojenja srebrom ovisi o primarnoj strukturi proteina. Štoviše, čistoća korištenih posuda i čistoća reagensa također mogu utjecati na kvalitetu bojenja srebrom. Međutim, nedostatak bojenja srebrom je taj što ne može detektirati sve proteine, osobito glikoproteine i proteine s velikim modificiranim skupinama vezanim za njihove bočne lance.
Koje su sličnosti između Coomassie i bojenja srebrom?
- Coomassie i bojenje srebrom dvije su tehnike koje se koriste u bojenju proteina.
- Mogu obojiti i proteine i DNK.
- Obje tehnike bojenja imaju nedostatke.
- Ove tehnike imaju slične korake, kao što su fiksiranje, bojenje i uklanjanje boje.
Koja je razlika između Coomassie i bojenja srebrom?
Coomassie bojenje je tehnika bojenja proteina koja koristi coomassie briljantnu plavu mrlju, dok je bojenje komadićima tehnika bojenja proteina koja koristi srebrnu boju. Dakle, ovo je ključna razlika između bojenja Coomassie i srebrom. Nadalje, bojenje Coomassie manje je osjetljivo od bojenja srebrom.
Infografika u nastavku navodi razlike između bojenja Coomassie i srebrom u obliku tablice za usporedbu.
Sažetak – Coomassie naspram bojenja srebrom
Za vizualizaciju proteina, može se izvesti kemijska reakcija vezanja boje ili bojenja specifična za protein. To se zove bojenje proteina. Coomassie i bojenje srebrom dvije su tehnike koje se koriste u bojenju proteina. Coomassie tehnika bojanja koristi coomassie briljantnu plavu mrlju, dok se kod bojenja u komadu koristi srebrna mrlja. Dakle, ovo je ključna razlika između Coomassie i bojenja srebrom.
