Ključna razlika između sličnosti i identičnosti u usklađivanju sekvenci je da je sličnost sličnost (sličnost) između dvije sekvence u usporedbi dok je identičnost broj znakova koji se točno podudaraju između dvije različite sekvence.
Bioinformatika je interdisciplinarno područje znanosti koje uglavnom uključuje molekularnu biologiju i genetiku, informatiku, matematiku i statistiku. Usklađivanje sekvenci je glavni pojam u bioinformatici. To je postupak u kojem se sekvence DNA, RNA ili proteina raspoređuju kako bi se identificirale regije sličnosti koje su posljedica funkcionalnog, strukturnog ili evolucijskog odnosa između sekvenci. Na kraju poravnanja bit će prikazani kao redovi unutar matrice. Kako bi se identični znakovi poravnali u uzastopnim bojama, između ostataka su prisutni umetnuti razmaci.
Što je sličnost?
Sličnost u poravnanju sekvenci je sličnost između dvije sekvence kada se uspoređuju. Ova činjenica ovisi o identitetu sekvenci. Sličnost prikazuje mjeru u kojoj su ostaci poravnati. Dakle, slične sekvence sadrže slična svojstva. U bioinformatici, sličnost je alat za procjenu sličnosti između dva proteina.
Slika 01: Sličnost u poravnanju sekvenci
Postoje dva glavna koraka u procesu usklađivanja slijeda. Početni korak je usklađivanje po parovima, koje pomaže pronaći optimalno usklađivanje između dva niza (uključujući praznine) pomoću algoritama kao što su BLAST, FastA i LALIGN. Algoritam podudaranja pronalazi minimalni broj operacija uređivanja; in-delovi i supstitucije kako bi se jedna sekvenca uskladila s drugom sekvencom. Nakon usporedbe po parovima, potrebno je dobiti dva kvantitativna parametra iz svake usporedbe po parovima. Oni su istovjetnost i sličnost.
Što je identitet?
Identitet u poravnanju niza je broj znakova koji se točno podudaraju između dva različita niza. Stoga se praznine ne računaju pri procjeni identiteta. Mjerenje se smatra relacijskim prema kraćem nizu među dva niza. To značajno implicira da ima učinak tamo gdje identitet sekvence nije tranzitivan. Ako je X=Y i Y=Z, tada X nije nužno jednako Z. Ovo se zaključuje u smislu mjere udaljenosti identiteta.
Slika 02: Identitet u poravnanju niza
Na primjer, X ima niz AAGGCTT, Y ima niz AAGGC i Z ima niz AAGGCAT. Identitet između X i Y je 100% {5 identičnih nukleotida / min[duljina(X), dužina(Y)]}. Identitet između Y i Z je također 100%. Ali identičnost između X i Z je samo 85% {(6 identičnih nukleotida / 7)}.
Koje su sličnosti između sličnosti i identičnosti u poravnanju sekvenci?
- I sličnost i istovjetnost dva su pojma koja koristimo u usklađivanju niza.
- Također, odnose se na sličnost između dvije sekvence.
- Štoviše, izražavamo ih kao postotnu vrijednost.
Koja je razlika između sličnosti i identičnosti u poravnanju sekvenci?
Sličnost u poravnanju govori o sličnosti između dva niza kada se uspoređuju, dok identičnost u poravnanju niza govori o količini znakova koji se točno podudaraju između dva različita niza. Stoga je ovo ključna razlika između sličnosti i identičnosti u slijedu poravnanja.
Sažetak – Sličnost nasuprot identičnosti u slijedu poravnanja
Usklađivanje sekvenci pomaže identificirati regije sličnosti u DNA, RNA ili proteinu koje su rezultat funkcionalnog, strukturnog ili evolucijskog odnosa između sekvenci. Stoga su sličnost i identičnost dva ključna pojma u kontekstu poravnanja sekvenci. Ključna razlika između ova dva pojma je u tome što je sličnost sličnost između dva niza u usporedbi, dok je identitet broj znakova koji se točno podudaraju između dva različita niza. Dakle, ovo je sažetak razlike između sličnosti i identičnosti u poravnanju sekvenci.
