Ključna razlika između kontiga i skele je u tome što kontig nema praznine dok se skela sastoji od kontiga i praznina.
Sekvenciranje genoma višestaničnih organizama vrlo je teško u usporedbi s sekvenciranjem jednostaničnih organizama. Sekvencioniranje cijelog genoma laka je i brza tehnika sekvenciranja genoma za višestanične genome. To je metoda koja paralelno sekvencira mnogo preklapajućih fragmenata DNK. U ovoj se metodi mali fragmenti sastavljaju u veće fragmente, a zatim u veće kontigove pomoću računala. Zatim se kontigi sastavljaju u skele i konačno u kromosom. Stoga je kontig kontinuirani niz nukleotidnih sekvenci dok je skela dio genoma koji se sastoji od kontiga i praznina. I contig i skela su rekonstruirane genomske sekvence.
Što je Contig?
Contig je genomska sekvenca. To je kontinuirani niz sekvenci sastavljen od A, C, G i T baza. Nastaje spajanjem nekoliko malih preklapajućih dijelova DNK u dulji niz. Jednostavnim riječima, contig je sklop skupa fragmenata sekvence. Stvaranje contiga uključuje identifikaciju preklapajućih fragmenata sekvence na temelju lokalnih metoda podudaranja nizova i poravnanja koje identificiraju preklapajuće krajeve sekvenci.
Kontigi nemaju praznine. Dio je skele. Kontigi se lančano povezuju prilikom stvaranja skele. Zahtijeva dodatne informacije o relativnom položaju i orijentaciji kontiga u genomu. Praznine razdvajaju kontige u skeli. U osnovi, sastavljanje kontiga je važan korak u sekvencioniranju sačmarice cijelog genoma. Kontigi se konačno sastavljaju u kompletan genomski niz. Sastavljanje Contig-a obično zahtijeva razumijevanje algoritama za podudaranje nizova i poravnavanje nizova.
Što je skela?
Skela je rekonstruirana genomska sekvenca iz krajnje sekvenciranih klonova sačmarice cijelog genoma. Strukturno, skela se sastoji od kontiga i praznina. Stoga se skele stvaraju lančanim spajanjem kontiga i njihovim odvajanjem prazninama. Za stvaranje skele potrebne su informacije o relativnom položaju i orijentaciji kontiga u genomu. Sklop sačmarice cijelog genoma ima za cilj predstavljanje svake genomske sekvence u jednoj skeli. Ali, nije baš moguće. Dakle, jedan kromosom može biti predstavljen s nekoliko skela. Ponekad se skele mogu preklapati. Štoviše, neke skele mogu se filtrirati tijekom sklapanja.
Slika 02: Pregled sklopa sačmarice s cijelim genomom
Duljina razmaka skele ne pokazuje njegovu pravu duljinu. Općenito, praznine su proizvoljno postavljene na određene fiksne duljine. Stoga te praznine i nesigurnosti u njihovoj duljini stvaraju probleme u razumijevanju pravih prostornih odnosa funkcionalnih elemenata u genomima i stvarnog opsega informacija koje nedostaju. Ponekad praznine predstavljaju nedostajuće genomske informacije.
Koje su sličnosti između Contiga i Scaffolda?
- Contig i skela su genomske sekvence sastavljene od sekvenci nukleotida.
- Skele se sastoje od kontiga i praznina.
Koja je razlika između Contiga i Scaffolda?
Kontig je kontinuirani niz sastavljen od skupa fragmenata slijeda. Nasuprot tome, skela je dio genomske sekvence rekonstruiran lančanim povezivanjem kontiga. Dakle, ovo je ključna razlika između kontiga i skele. Štoviše, kontigi nemaju praznine dok su kontigi u skeli odvojeni prazninama.
U nastavku infografika prikazuje više razlika između kontiga i skele.
Sažetak – Contig vs Scaffold
I contig i skela su rekonstruirane nukleotidne sekvence u projektima sekvenciranja cijelog genoma. Contig je kontinuirani niz genomske sekvence koji sadrži A, C, G i T baze bez praznina. Skela je genomska sekvenca koja se sastoji od kontiga i praznina. Dakle, komponente najkraćeg sklopa su kontigi, dok su skele sklopovi kontiga. Konačno, skele se sastavljaju u kromosome u sekvenciranju cijelog genoma. Dakle, ovo sažima razliku između kontiga i skele.
