Ključna razlika između dNTP i ddNTP je u tome što su dNTP ili deoksiribonukleotidi građevni blokovi DNA i imaju 3'-OH skupinu u strukturi pentoznog šećera, dok su ddNTP ili dideoksinukleozid trifosfati nukleotidi koji nemaju 3'-OH skupinu i oni koriste se u tehnici Sanger dideoksi DNA sekvenciranja za proizvodnju različitih duljina DNA sekvenci.
dNTP i ddNTP su nukleotidi. dNTP se odnosi na nukleotide deoksiriboze. Oni su građevni blokovi DNK. dNTP se koriste za sintezu DNK. dNTP se, s druge strane, odnosi na dideoksinukleozidne trifosfate. Koriste se u Sangerovom sekvenciranju za prekid sinteze DNA na različitim duljinama. Nedostaje im OH grupa na 3' položaju. Vodik je prisutan na položaju 3' umjesto OH skupine. Stoga ddNTP-ovi ne mogu stvoriti fosfodiestersku vezu sa sljedećim nukleotidom. dNTP je sposoban izvršiti sintezu DNA, dok je ddNTP sposoban prekinuti polimerizaciju DNA.
Što je dNTP?
dNTP je kratica za deoksiribozni nukleotid ili deoksiribonukleotid. To je građevni blok DNK. Postoje četiri vrste dNTP-a. To su dATP, dTTP, dCTP i dGTP. Nazivaju se prema purinskim ili pirimidinskim dušičnim bazama: adenin (A), gvanin (G), timin (T) i citozin (C).
Slika 01: dNTP
Adenin i gvanin su purinske baze dok su timin i citozin pirimidinske baze. Pentozni šećer dNTP je deoksiriboza. Postoji i fosfatna skupina. Stoga se dNTP sastoji od tri komponente: dušične baze, šećera deoksiriboze i fosfatne skupine. Ovi se dNTP međusobno spajaju preko fosfodiesterskih veza. U dNTP postoji OH skupina vezana za položaj 3' pentoznog šećera koji je potreban za stvaranje veze s fosfatnom skupinom vezanom za 5' ugljik šećera sljedećeg nukleotida. Budući da svi dNTP-ovi imaju ovu 3'-OH skupinu, oni su sposobni sintetizirati i produžiti DNA lance. Dakle, dNTP djeluje kao osnovna ponavljajuća jedinica DNK i kemijske tvari gena. Sinteza DNK uvijek se odvija od 5' do 3'.
Što je DdNTP?
Sangerovo sekvenciranje prva je generacija metode sekvenciranja DNK koju su razvili Frederick Sanger i njegovi kolegiji 1977. Također je poznato kao sekvenciranje prekida lanca ili dideoksi sekvenciranje budući da je osnovni princip ove metode prekidanje lanca pomoću dideoksinukleozid trifosfata (ddNTPs). ddNTP su nukleotidi koji se koriste u Sangerovom sekvenciranju. Sangerovo sekvenciranje temelji se na selektivnoj ugradnji ddNTP-a i prekidanju sinteze DNA tijekom in vitro replikacije DNA. Posebnost ddNTP-a je u tome što im nedostaje 3'-OH skupina na pentoznom šećeru za nastavak stvaranja fosfodiesterske veze između fosfatne skupine 5' u susjednom nukleotidu. Dakle, jednom kada je ddNTP pričvršćen na lanac koji se produžuje, produljenje lanca prestaje i završava od te točke. ddNTP djeluju kao inhibitori produljivanja lanca DNA polimeraze tijekom Sangerove metode sekvenciranja.
Slika 02: ddNTP
Postoje četiri ddNTP-a: ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP koji se koriste u Sangerovom sekvenciranju. Ovi nukleotidi zaustavljaju proces replikacije DNK kada se ugrade u rastući lanac DNK. Kao rezultat, Sangerovo sekvenciranje proizvodi različite duljine kratke DNK. Kapilarna gel elektroforeza koristi se za organiziranje ovih kratkih DNK niti prema njihovoj veličini na gelu. ddNTP-ovi su radioaktivno ili fluorescentno obilježeni različitim bojama radi lakše analize sekvence DNK. Analizom gela može se odrediti sekvenca nukleotida nepoznatog DNA lanca.
Koje su sličnosti između dNTP i DdNTP?
- I dNTP i ddNTP koriste se u Sanger sekvenciranju.
- Postoje četiri vrste dNTP-ova i ddNTP-ova.
- Sastoje se od tri komponente: dušične baze, šećera deoksiriboze i fosfatnih skupina.
Koja je razlika između dNTP i DdNTP?
dNTP je jedan od četiri tipa deoksiribonukleotida koji su građevni blokovi DNK. ddNTP je jedan od četiri tipa dideoksiribonukleozid trifosfata koji se koriste u tehnici Sanger sekvenciranja. dNTP ima 3'-OH grupu na pentoznom šećeru dok ddNTP nema 3'-OH grupu na pentoznom šećeru. Dakle, ovo je ključna razlika između dNTP i ddNTP. Štoviše, dNTP-ovi provode polimerizaciju DNA dok ddNTP-ovi prekidaju polimerizaciju DNA. Dakle, ovo je još jedna velika razlika između dNTP i ddNTP.
Infografika ispod navodi razlike između dNTP i ddNTP u tabelarnom obliku.
Sažetak – dNTP protiv DdNTP
Normalni dNTP su građevni blokovi DNK dok su ddNTP nukleotidi koji se koriste u Sanger tehnici sekvenciranja. dNTP ima 3'-OH dok ddNTP nema 3'-OH. Dakle, ovo je ključna razlika između dNTP i ddNTP. Štoviše, dNTP može sintetizirati lanac DNA dok ddNTP može prekinuti polimerizaciju DNA. Stoga se ddNTP koriste u Sangerovom sekvenciranju kako bi se proizveli različiti DNA lanci različitih duljina. Tijekom Sangerovog sekvenciranja uključeni su i dNTP i ddNTP.
