Ključna razlika između MLVA i MLST je u tome što MLVA koristi polimorfizam tandemski ponovljenih DNK sekvenci za karakterizaciju mikrobnih vrsta, dok MLST koristi polimorfizam DNK sekvenci internih fragmenata višestrukih kućnih gena za karakterizaciju mikrobnih vrsta.
Mikrobna tipizacija obično se koristi za određivanje izvora i putova infekcija. Potvrđuje ili isključuje izbijanje bolesti. Mikrobna tipizacija također prati križni prijenos patogena povezanih sa zdravstvenom skrbi i prepoznaje virulentne sojeve. Štoviše, mikrobna tipizacija ocjenjuje učinkovitost mjera kontrole patogenih mikrobnih vrsta. MLVA i MLST dvije su molekularno biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba.
Što je MLVA?
Multiple loci VNTR analiza (MLVA) je molekularna biološka metoda koja koristi polimorfizam tandemski ponovljenih sekvenci DNK za karakterizaciju mikrobnih vrsta. To je metoda koja se koristi za genetsku analizu određenih vrsta mikroba.
Tijekom prvog koraka MLVA, svaki ciljani VNTR lokus se pojačava PCR-om s bočnim početnicama specifičnim za regiju. Zatim se dobiveni fragmenti odvajaju po veličini elektroforezom na kapilarnom sekvenceru. Genotipizacija svakog lokusa i rezultati prikupljeni iz svakog uzorka omogućuju karakterizaciju mikroorganizma čija je vrsta poznata. Također omogućuje identifikaciju podvrste kroz tipiziranje alela i usporedbu s MLVA bazama podataka.
Slika 01: MLVA
Ova MLVA metoda je selektivnija od MLST metode. Nadalje, metoda MLVA ne zahtijeva korak sekvenciranja DNK. Stoga omogućuje razlikovanje bliskih podvrsta ili klonskih vrsta.
Što je MLST?
Multilokusna sekvencijska tipizacija (MLST) je tehnika koja koristi polimorfizam DNK sekvenci internih fragmenata višestrukih kućnih gena za karakterizaciju mikrobnih vrsta. MLST je tehnika u genetskoj analizi za tipizaciju višestrukih lokusa.
Slika 02: MLST
To je vrsta sekvencioniranja koja se koristi kao referentna tehnika za razlikovanje različitih vrsta mikrobnih vrsta. Ova se metoda temelji na sekvenciranju gena za kućnu pomoć. Geni domaćinstva obično kodiraju bitne proteine mikrobnih agenasa kao što je bakterija. Ove sekvence gena za domaćinstvo imaju posebnost predstavljanja stabilnog polimorfizma tijekom vremena. Stoga su razlike u sekvencama kućnih gena dovoljne da se sojevi razlikuju jedni od drugih. Nadalje, prva MLST shema koja je razvijena bila je Neisseria meningitidis, uzročnik meningokoknog meningitisa i septikemije. Od svog uvođenja, MLST se koristi ne samo za ljudske patogene već i za biljne patogene.
Koje su sličnosti između MLVA i MLST?
- MLVA i MLST dvije su molekularno biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba.
- Obje tehnike mogu se koristiti za filogenetsku analizu mikroba.
- Obje tehnike temelje se na genetskom polimorfizmu.
- Mogu se koristiti za detekciju ljudskih bolesti koje uzrokuju mikrobni patogeni.
- Obje tehnike trebaju izvoditi iskusni molekularni biolozi.
Koja je razlika između MLVA i MLST?
MLVA je tehnika koja koristi polimorfizam tandemski ponovljenih sekvenci DNK za karakterizaciju mikrobnih vrsta. S druge strane, MLST je tehnika koja koristi polimorfizam DNA sekvenci unutarnjih fragmenata višestrukih gena za domaćinstvo za karakterizaciju mikrobnih vrsta. Dakle, ovo je ključna razlika između MLVA i MLST. Nadalje, MLVA metoda je selektivnija od MLST metode.
Infografija u nastavku predstavlja razlike između MLVA i MLST u obliku tablice za usporedbu.
Sažetak – MLVA vs MLST
MLVA i MLST su dvije molekularne biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba. MLVA koristi polimorfizam tandemski ponovljenih DNK sekvenci za karakterizaciju mikrobnih vrsta, dok MLST koristi polimorfizam DNK sekvenci internih fragmenata višestrukih kućnih gena za karakterizaciju mikrobnih vrsta. Dakle, ovo je ključna razlika između MLVA i MLST.
