Ključna razlika između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu je u tome što elektroforeza u agaroznom gelu koristi vodoravno izlivene agarozne gelove za odvajanje relativno većih fragmenata DNK, dok elektroforeza u poliakrilamidnom gelu koristi okomito izlivene poliakrilamidne gelove za odvajanje kraćih fragmenata nukleinske kiseline.
Elektroforeza je vrsta tehnike koja koristi električno polje primijenjeno preko matrice gela za odvajanje biomolekula poput DNK, RNK i proteina. Ovo odvajanje biomolekula kao što su DNA, RNA i proteini putem elektroforeze temelji se na naboju i veličini. Uzorci se stavljaju u jažice gela. Kasnije se električno polje primjenjuje preko gela. Polje uzrokuje kretanje negativno nabijenih molekula prema pozitivnoj elektrodi. Matrica gela djeluje kao molekularno sito kroz koje najmanje molekule prolaze ili putuju brzo, dok se veće molekule kreću sporo. To omogućuje odvajanje molekula na temelju naboja i veličine. Stoga su elektroforeza u agaroznom i poliakrilamidnom gelu dvije vrste tehnika elektroforeze u gelu koje uglavnom pomažu u odvajanju molekula na temelju njihove veličine i naboja.
Što je elektroforeza u agaroznom gelu?
Elektroforeza u agaroznom gelu je tehnika koja koristi agarozni gel za odvajanje biomolekula kao što su DNA i RNA. To je tehnika koja se koristi za odvajanje nukleinskih kiselina prvenstveno prema veličini. Glavni spoj koji se zove agaroza koji se koristi u ovoj tehnici je polisaharid. Dolazi iz morskih algi. Agaroza se može otopiti u puferu za ključanje, a zatim se može izliti u pladanj koji se drži vodoravno. U tepsiji se ohladenjem skrutne i formira plosku. Agarozni gelovi se sipaju pomoću češlja kako bi se napravile jažice u koje se stavljaju nukleinske kiseline poput DNK ili RNK nakon što se gel skrutne.
Slika 01: Elektroforeza u agaroznom gelu
Gel se kasnije uroni u odgovarajući pufer, a struja se primjenjuje preko gela. DNK ima jednoliki negativni naboj koji je neovisan o sastavu sekvence molekule. Stoga će molekule DNA migrirati od katode (-) prema anodi (+). Brzina migracije izravno ovisi o veličini molekule. Najveće makromolekule najteže se snalaze kroz gel. S druge strane, manje makromolekule brzo i vrlo lako klize kroz gel.
Što je elektroforeza u poliakrilamidnom gelu?
Poliakrilamidna gel elektroforeza (PAGE) je tehnika koja koristi poliakrilamidne gelove za odvajanje biomolekula. To je tehnika koja se široko koristi za odvajanje bioloških makromolekula, obično proteina i nukleinskih kiselina, prema njihovoj elektroforetskoj pokretljivosti. Hidratacija akrilonitrila rezultira stvaranjem molekula akrilamida pomoću nitril hidrataze. Akrilamid je topiv u vodi, a dodatkom inicijatora slobodnih radikala dolazi do polimerizacije akrilamida pri čemu nastaje poliakrilamidni gel. Normalno, povećane koncentracije akrilamida rezultiraju smanjenom veličinom pora u gelu. Poliakrilamidni gelovi se izlijevaju okomito, za razliku od agaroznih gelova.
Slika 02: Elektroforeza u poliakrilamidnom gelu
U elektroforezi s poliakrilamidnim gelom, molekule mogu raditi u svom prirodnom stanju, čuvajući strukturu višeg reda molekula. Ova se metoda naziva native PAGE. Alternativno, može se dodati i kemijski denaturant kako bi se uklonila struktura višeg reda i molekula pretvorila u nestrukturiranu molekulu čija pokretljivost ovisi samo o njezinoj duljini. Ova vrsta se zove SDS-PAGE.
Koje su sličnosti između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu?
- Elektroforeza u agaroznom i poliakrilamidnom gelu dvije su vrste tehnika elektroforeze u gelu.
- Zapravo, to su tehnike molekularne biologije.
- Obje se tehnike koriste za otkrivanje bioloških makromolekula poput DNK i proteina.
- Ove tehnike izvode vješti tehničari ili istraživači.
- U obje tehnike, odvajanje makromolekula temelji se na naboju i veličini.
- Obje tehnike omogućuju odvajanje nukleinskih kiselina poput DNA i RNA.
Koja je razlika između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu?
Elektroforeza u agaroznom gelu je tehnika koja koristi vodoravno izlivene agarozne gelove za odvajanje biomolekula, dok je elektroforeza u poliakrilamidnom gelu tehnika koja koristi okomito izlivene poliakrilamidne gelove za odvajanje biomolekula. Ovo je ključna razlika između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu. Nadalje, elektroforeza u agaroznom gelu koristi se za odvajanje DNA i RNA, dok se elektroforeza u poliakrilamidnom gelu koristi za odvajanje nukleinskih kiselina kao što su DNA, RNA ili proteini.
Sljedeća tablica sažima razliku između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu.
Sažetak – Elektroforeza u agaroznom i poliakrilamidnom gelu
Agarozna i poliakrilamidna gel elektroforeza dvije su vrste tehnika gel elektroforeze koje se koriste u laboratorijima molekularne biologije. Elektroforeza u agaroznom gelu koristi agarozni gel za odvajanje biomolekula. Agaroza općenito nije otrovna za ljude, dok je poliakrilamid otrovan za ljude. Štoviše, elektroforeza u agaroznom gelu pokazuje nisku rezoluciju dok elektroforeza u poliakrilamidnom gelu pokazuje veću rezoluciju. Elektroforeza s poliakrilamidnim gelom koristi poliakrilamidni gel za odvajanje biomolekula. Ovo sažima razliku između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu
