Ključna razlika između sintenije i kolinearnosti je u tome što je sintenija fizička ko-lokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u vrstama, dok je kolinearnost fizička ko-lokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u različitim očuvanim vrstama isti redoslijed.
Sintenija i kolinearnost su dva pojma koja se u genomici koriste naizmjenično. Oba pojma opisuju obrasce lokalizacije gena na kromosomima u različitim vrstama. Ovi povezani rasporedi gena među svojtama vrijedne su informacije kada se zaključuje o zajedničkom podrijetlu gena. Sintenija se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom kromosomu u vrsti. Kolinearnost se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom kromosomu u različitim vrstama koje čuvaju isti redoslijed. Stoga je to oblik sintenije.
Što je Synteny?
U različitim vrstama postoji skup gena koji se nalazi na istom kromosomu. A ova fizička ko-lokalizacija gena na istom kromosomu kod različitih vrsta poznata je kao sintenija. Također, ti se geni nalaze vrlo blizu jedan drugome na jednom kromosomu. Redoslijed gena ne mora nužno biti isti. No, lokalizacija gena jedan blizu drugog na istom kromosomu odvija se u sinteniji. Stoga sintenija uglavnom opisuje uzorak distribucije gena na kromosomu. Ovi obrasci ko-lokalizacije gena ukazuju na odnose između različitih vrsta i njihovu evoluciju. Međutim, sintenija može biti poremećena zbog kromosomskih preraspodjela kao što su translokacije, inverzija i fuzija kromosoma, itd. duplikacija, gubitak i nejednaka homologna rekombinacija.
Slika 01: Synteny
Vjeruje se da su svi povezani geni sintetički. Međutim, nisu svi sintetički geni nužno povezani. Posjeduju zajedničke sekvence kromosoma. Ljudi imaju mnogo sintetičkih gena s drugim sisavcima. Štoviše, mnoge žitarice imaju sintetičke gene.
Što je kolinearnost?
Kolinearnost je specifičniji oblik sintenije u kojem se skup gena nalazi na istom kromosomu različitih vrsta istim redoslijedom kao kod predačke vrste. Stoga, ako postoji odstupanje od kolinearnosti, to će biti pouzdaniji filogenetski karakter budući da kolinearnost objašnjava zajedničko podrijetlo gena.
Slika 02: Kolinearnost
Višestruka analiza kolinearnosti pruža puno pouzdanije informacije o srodnim vrstama i njihovoj filogeniji.
Koje su sličnosti između sintenije i kolinearnosti?
- I kod sintenije i kod kolinearnosti, skup lokusa u dvije različite vrste nalazi se na istom kromosomu.
- Ovi pojmovi opisuju fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom kromosomu.
- Kolinearnost je specifičniji oblik sintenije.
- Ponekad se oba pojma koriste naizmjenično u genomici.
- Ako dvije regije imaju kolinearnost, one su očito sintenske.
- Korisni su u zaključivanju o filogeniji.
Koja je razlika između sintenije i kolinearnosti?
Sintenija i kolinearnost su dva pojma koja se u genomici koriste naizmjenično. Sintenija se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju skupa gena u istom kromosomu kod različitih vrsta. Kolinearnost je oblik sintenije u kojoj je skup gena ko-lokaliziran istim redoslijedom među različitim vrstama. Stoga je ovo ključna razlika između sintenije i kolinearnosti.
Sažetak – Synteny vs Collinearity
Pojmovi sintenija i kolinearnost odnose se na skup gena koji se nalaze na istom kromosomu kod različitih vrsta. Zapravo, ti su geni ko-lokalizirani u istom kromosomu kod različitih vrsta. Sintenija opisuje fizičku ko-lokalizaciju skupa gena na istom kromosomu kod različitih vrsta, dok je kolinearnost specifičniji oblik sintenije u kojem je skup gena ko-lokaliziran istim redoslijedom. Dakle, ovo sažima razliku između sintenije i kolinearnosti.
